Willem Balke werd geboren op 10 april 1933 in Baarn. Hij studeerde theologie in Utrecht en werd in 1958 hervormd predikant in Langerak. Daarna stond hij in Bodegraven (1962), Den Ham (1975), ’s-Graveland (1986) en Werkhoven (1993). In 1991 werd hij hoogleraar aan de Universiteit van Amsterdam en aan de Karelsuniversiteit in Praag. In 1998 ging hij als predikant met emeritaat.

Prof. Balke was van 2001 tot 2003 hoogleraar geschiedenis van de Reformatie aan de Vrije Universiteit Amsterdam. Hij promoveerde in 1973 op een onderzoek naar de verhouding tussen Calvijn en de doperse radicalen. De hoogleraar publiceerde veel over kerkgeschiedenis en schreef ook uitgebreide studies over de hervormde kerkorde van 1951. Samen met zijn vrouw Jannetje Bomas kreeg Willem Balke vier kinderen. Sinds 2014 was hij weduwnaar.