In 2015 stelde Franciscus bisschop Juan Barros aan in het zuidelijke bisdom Osorno. De benoeming leidde tot veel ophef, omdat Barros geweten zou hebben dat zijn vroegere mentor, de priester Fernando Karadima, jarenlang minderjarige jongens seksueel had misbruikt. In 2011 veroordeelde het Vaticaan Karadima hiervoor.

Tijdens zijn eerste officiële toespraak zei Franciscus dat hij zich verplicht voelt om zijn „pijn en schaamte uit te drukken over de onherstelbare schade die sommige vertegenwoordigers van de kerk kinderen hebben toegebracht”. De paus deed zijn uitspraken in aanwezigheid van de Chileense president Michelle Bachelet en andere hoogwaardigheidsbekleders.

Het bezoek van de paus gaat gepaard met protesten. Dinsdagochtend werden in de regio Araucania, die de paus woensdag bezoekt, twee kerken in brand gestoken. In een dorp in de buurt van Santiago werd eveneens een kerk in brand gestoken en in de hoofdstad zelf bekladden actievoerders meerdere kerken met leuzen tegen de paus.

De afgelopen week brandden in Chili ten minste zes kerken uit. Wie er achter die aanslagen zitten, is niet bekend.