De afgelopen drie jaar kondigde het bedrijf vier reorganisaties aan. Avebe verwacht de komende jaren minder Europese subsidies binnen te krijgen en kampt bovendien met sterke concurrentie. De belangrijkste gebeurtenissen in 2005:(is0(12 maart: Bestuursvoorzitter E. Haselhoff legt met onmiddellijke ingang zijn functie neer na onenigheid met medebestuursleden die een door de directie voorgestane wereldwijde expansie van het concern blokkeerden.

23 maart: Avebe gaat honderden banen schrappen. Het bedrijf heeft op dat moment een kleine 1300 werknemers in dienst en wil het personeelsbestand voor augustus 2005 afslanken tot minder dan 1000 medewerkers.

18 september: Werknemers bij Avebe gaan staken. Met de staking wil FNV Bondgenoten een beter sociaal plan afdwingen voor werknemers die het slachtoffer worden van de reorganisatie. De leden van FNV Bondgenoten bij de Avebe-vestiging in Foxhol leggen het werk neer. Volgens de bond zijn acties onvermijdelijk geworden. De volgende dag breidt de staking zich uit tot DWM, een zusterbedrijf in Veendam.

22 september: Boze boeren voeren actie bij een vestiging van Avebe in Ter Apelkanaal. Ze zijn het niet eens met de staking in het bedrijf. De landbouwers zijn kwaad op de FNV, die de actie organiseert. Ze vinden dat de bond voorbijgaat aan de belangen van de boeren.

25 september: Avebe spant een kort geding aan tegen FNV Bondgenoten. Daarmee probeert het concern een eind te maken aan de staking. Een paar dagen later wordt de vordering door de rechtbank in Groningen afgewezen. De staking gaat door. Boeren in de provincies Groningen en Drenthe schatten de schade die ze lijden door de staking inmiddels op een half miljoen euro. Aardappelen kunnen niet naar fabrieken worden vervoerd en beginnen daardoor te rotten op het veld.

3 oktober: Landbouworganisatie LTO Nederland luidt de noodklok over de ontwrichtende staking, die haar derde week ingaat. De organisatie waarschuwt dat de hele regio failliet gaat als er niet snel een oplossing komt. Honderden boeren zijn gedupeerd en Avebe heeft miljoenen schade geleden.

5 oktober: De staking is voorbij. De leden van FNV Bondgenoten hebben ingestemd met het bereikte akkoord van hun bond met de directie van het bedrijf. Het sociaal plan voor de 148 werknemers die ontslagen gaan worden, is iets royaler geworden. Avebe schat de schade door de staking tussen de 10 en 15 miljoen euro. Het bedrijf is bovendien een aantal klanten kwijtgeraakt.

7 oktober: De Ondernemingskamer in Amsterdam keurt de reorganisatieplannen af. Avebe spreekt van „een zeer onaangename verrassing.” Volgens het bedrijf is de reorganisatie noodzakelijk om de resultaten van de onderneming structureel te kunnen verbeteren.

10 oktober: De raad van commissarissen stuurt twee van de drie directieleden van het concern weg. De raad houdt bestuursvoorzitter P. Krijne en financieel topman A. Beijers verantwoordelijk voor de grote problemen bij het bedrijf.