De Jongs leven werd door de Tweede Wereldoorlog bepaald. Hij heeft niet alleen 26 jaar aan de teboekstelling van de bezettingsgeschiedenis gewerkt, de oorlog heeft hem ook persoonlijk veel leed gebracht. De familie De Jong is van joodse komaf en kwam in zijn geheel in een vernietigingskamp om, inclusief Loe’s tweelingbroer. Alleen Loe ontkwam. Hij vluchtte met zijn gezin naar Londen, waar hij bij Radio Oranje werk vond.

De Jong schreef in opdracht van het Rijk ”Het Koninkrijk der Nederlanden in de Tweede Wereldoorlog”. Het werden niet minder dan veertien delen, geschreven tussen 1968 en 1994. Hij kreeg een benoeming als directeur van het RIOD, het Rijksinstituut voor Oorlogsdocumentatie, nu het Nederlands Instituut voor Oorlogsdocumentatie (NIOD). De Jong had veel kritiek te verduren, onder andere omdat hij persoonlijk te betrokken zou zijn. Bij de Indische gemeenschap in Nederland was hij niet bepaald geliefd, vanwege zijn volgens haar eenzijdige kijk op het kolonialisme. Het leidde zelfs tot processen.

Optreden van De Jong zorgde er in 1978 voor dat een einde kwam aan de politieke carrière van CDA’er Willem Aantjes. De historicus maakte openbaar dat Aantjes zich in 1944 had aangesloten bij de Waffen-SS en daarna kampbewaker in Assen was geweest. Naar eigen zeggen had Aantjes in het lidmaatschap van de Germaanse SS een mogelijkheid gezien om uit Duitse tewerkstelling naar Nederland terug te keren. Weer in Nederland weigerde hij te tekenen en het uniform van deze organisatie aan te trekken, waarna de jonge Aantjes in Assen dwangarbeid moest verrichten.

In 2001 erkende De Jong dat hij te snel conclusies had getrokken. Aantjes liet dinsdag weten geen ”bad feelings” te hebben. „Dat heb ik altijd gezegd. Ik heb nog wel een béétje begrip voor wat De Jong destijds zei, met wat hij toen in handen had, maar hij had het allemaal veel beheerster moeten aanpakken. Zijn reputatie heeft net zo veel geleden. Ik vind het alleen jammer dat we dat nooit persoonlijk met elkaar hebben kunnen uitspreken, in een publiek gesprek. Want het was immers een publieke zaak.”

Premier Balkenende roemde dinsdag vanuit Jeruzalem de „titanenarbeid” die De Jong heeft verricht. Hij zei het „een heel bijzondere omstandigheid” te vinden „dat het overlijden van Loe de Jong samenvalt met het moment dat velen aan de verschrikkingen van de Tweede Wereldoorlog denken bij de heropening van het Yad Vashem-museum.”

De Jong was tot voor kort nog steeds helder en scherp. Toch kampte hij al jaren gezondheidsproblemen en was hij verzwakt door het vrij recente overlijden van zijn tweede vrouw, een overlevende van Auschwitz.

Het Nederlandse publiek kan via de site www.hetcondoleanceregister.nl reageren op het overlijden van De Jong.