Ze groeide op in een buitenwijk van Parijs als jongste kind van een muzikale familie. Vader Albert, organist en componist, had les gehad van Guilmant en Fauré. Zus Odile, die verongelukte, was een veelbelovende sopraan en pianiste. Broer Olivier werd componist en pianist. Vooral broer Jehan, die in 1940 op 29-jarige leeftijd omkwam, betekende veel voor de ontwikkeling van Marie-Claire. „Hij leerde me alles op muziekgebied”, zei ze later. In huis werd altijd gemusiceerd, met een voorliefde voor Bach. „We waren bij wijze van spreken elke avond Bach aan het uitvoeren, met het orgel en door cantates te zingen. Bach was bijna een familiekwaal.”

Zelf kreeg Marie-Claire aan het Parijse conservatorium les van Marcel Dupré en Maurice Duruflé, en later nog van de Fransman Gaston Litaize. Haar ster rees snel. Al tijdens haar studieperiode viel ze in de prijzen. Dat ging alleen maar door toen ze vanaf 1950 haar vleugels uitsloeg. Prijs na onderscheiding sleepte ze in de wacht. Decennia­lang gaf ze vervolgens over de hele wereld concerten, in totaal meer dan 2000.

In 1954 maakte ze haar eerste plaat op het label Erato. Er zouden er honderden volgen; haar discografie beslaat meer dan 250 opnamen. Van een groot aantal organisten legde ze het complete oeuvre vast, van Buxtehude, Böhm en Bruhns, tot Mendelssohn, Franck en Widor.

De ”familiekwaal Bach” kwam tot uitdrukking in het feit dat ze diens oeuvre driemaal compleet opnam. Voor het eerst tussen 1959 en 1968. Vervolgens in de jaren 70 opnieuw. Allemaal op neobarokke orgels. En toen vanaf 1986 nog een derde keer, nu op historische instrumenten van orgelbouwers als Silbermann en Schnitger. De derde cyclus was het resultaat van „een leven lang leren en studeren”, zei ze in een interview. Ze wist dan ook alles van de bronnen rond Bach. Hoewel ze zich niet helemaal uitleverde aan de oudemuziekbeweging, had ze daar intussen wel grote invloed van ondergaan.

Ze speelde een breed repertoire, van Buxtehude tot Messiaen. „Ik hou op bij 1950”, stelde ze eens. Een bijzondere band had ze met het oeuvre van haar broer Jehan, die hoewel jong overleden een groot aantal werken naliet. Marie-Claire Alain bracht die muziek decennialang wereldwijd onder de aandacht, ook in Nederland. Ze kwam hier vaak en graag, sinds ze in 1957 voor het eerst met haar lelijke eend vanuit Parijs naar Den Haag was gereden. Ze hield van de Hollandse orgels en gaf graag les aan de zomeracademie voor organisten in Haarlem.

Omgekeerd trokken velen naar Parijs om daar bij haar te lessen. Hedendaagse grootheden als de Engelse Margaret Phillips, de Fransman Daniel Roth en de Brit Thomas Trotter – ze waren allen bij haar in de leer. Maar ook de Nederlanders Aart Bergwerff, Erwin Wiersinga, Ton van Eck en Arjen Leistra lieten zich door haar ‘kneden’.

Overigens kon niet iedereen haar manier van spelen –vooral de vaak scherpe registraties en hoge tempi– waarderen; bij sommigen had ze zelfs de bijnaam ”Marie Klare Ellende”. Maar niemand zal ontkennen dat met haar overlijden een grand old lady is heengegaan die gedurende een halve eeuw een groot stempel drukte op het internationale orgellandschap.