Peper werd geboren op 13 februari 1940 en groeide op in een Haarlems arbeidersmilieu. Zijn vader was metaalbewerker, het gezin was arm. Peper had talent voor voetbal en speelde ooit een interland als semi-prof met het Nederlands amateurelftal tegen Zwitserland. Peper had carrière in het voetbal kunnen maken, maar koos voor een studie. Hij studeerde sociale wetenschappen, economie en sociologie in Amsterdam en Oslo. Na zijn studie ontwikkelde Peper politieke ambities en trad hij begin jaren zeventig als beleidsadviseur toe tot het landelijk bestuur van de Partij van de Arbeid.

In 1982 werd Peper burgemeester van Rotterdam. Met zijn benoeming was niet iedereen blij. Op het stadhuis kregen velen een andere functie en daarmee maakte Peper zich niet geliefd. Ook stapelden de incidenten zich op. Zo reed hij met zijn dienstauto over een busbaan en foeterde hij een agent uit die hem daarvoor aanhield, en moest hij afkicken van overmatig drankgebruik. Echt geliefd onder de Rotterdammers werd Peper nooit, toch bleef hij in functie tot 1998.

Na zestien jaar burgemeesterschap vertrok hij naar Den Haag voor een ministerspost in het tweede kabinet-Kok. Maar het verleden bleef de kersverse minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties achtervolgen. Als Rotterdamse burgemeester zou Peper op grote voet hebben geleefd en voor 100.000 gulden hebben gefraudeerd.

Peper deed de verhalen, die bekend kwamen te staan als de ‘bonnetjesaffaire’ af als „lariekoek”, en „verzonnen flauwekul”. Maar als minister van Binnenlandse Zaken zat hij in een moeilijk parket. Hij was namelijk verantwoordelijk voor de integriteit van ambtenaren en voor het toezicht op de financiën van gemeenten. Om zich naar eigen zeggen te kunnen verweren tegen de aantijgingen, trad Peper af.

Uiteindelijk oordeelde het College van Beroep voor het Bedrijfsleven dat het onderzoek van KPMG naar de affaire „onvoldoende en onjuist” was. Er kwam een schikking, maar volledig eerherstel kreeg de ex-minister niet. Hij begaf zich weer in wetenschappelijke kringen, liever dan zich weer als politiek strateeg te ontpoppen. Hij doceerde als hoogleraar aan de Erasmus Universiteit. Hier en daar gaf hij nog een interview. Maar de hoogleraar met de wijde blik die eens Rotterdam en korte tijd ook Nederland bestuurde, zette een punt achter zijn publieke leven.