De bewindsvrouw voelt zich flink in haar wiek geschoten door de TCI. Die beschrijft haar ministerie als een „clientèledepartement” dat in de informatievoorziening aan de Tweede Kamer tekortschoot. „Ik herken me niet in dat woord”, reageerde Peijs. De ambtenaren van Verkeer en Waterstaat, door de commissie beschuldigd van misleiding, hebben volgens de minister „naar eer en geweten gehandeld.”

De suggestie van de TCI dat de Kamer opnieuw kritisch moet kijken naar de Zuiderzeelijn, kan in het parlement op veel steun rekenen. Het CDA vindt dat de snelle spoorverbinding tussen Groningen en Amsterdam „geen onbeheersbaar project mag worden.” Coalitiepartner VVD „sluit beslist niet uit” dat een sterke wijziging in aard en omvang van de Zuiderzeelijn wenselijk is. Bij de kleinste regeringspartij, D66, zijn de twijfels over de Zuiderzeelijn alleen maar versterkt. De partij dringt aan op een rationele beslissing over de spoorlijn. „Dat is de les die de hele politiek uit het rapport van de commissie-Duivesteijn zou moeten trekken.”

Vrijwel de gehele oppositie deelt de kritiek van de TCI op de Zuiderzeelijn. Volgens de SGP tekent zich met de Zuiderzeelijn „een nieuw debacle af.” De partij vindt het „volstrekt onverantwoord” om nu een besluit over de aanleg van de lijn te nemen. De SGP stemt in met de meeste aanbevelingen van de TCI, hoewel die „bepaald geen wondermiddel vormen om financiële blunders rond grote projecten definitief te voorkomen.”

De ChristenUnie noemt het rapport van de TCI echter „evenwichtig en overtuigend.” ChristenUnie-kamerlid Huizinga vindt de kritiek van de TCI op de Zuiderzeelijn „wel wat vergaand.” Ze vraagt zich af of de commissie „hier niet een heel klein beetje doorslaat.” Een groot project is niet alleen een simpel rekensommetje, stelt Huizinga. „Er zijn immers ook beloften gedaan aan de noordelijke provincies.”