Afvalwater uit de kassen is vervuild met gewasbeschermingsmiddelen en meststoffen. Daarom is de sector gebonden aan strenge milieuregels. In de Bommelerwaard loopt een herstructureringsproject. Het streven is om in 2027 emissieloos te kunnen werken. Schoon water is een pijler onder dat project, aldus waterschap Rivierenland. Het schap heeft samen met de gemeente Zaltbommel 5 miljoen euro geïnvesteerd in het rioolstelsel. De EU gaf 1,7 miljoen subsidie.

Bommelse tuinbouwondernemers, die samen ongeveer 250 hectare aan glastuinbouw exploiteren, voeren hun water af op 35 kilometer rioolleiding. Via 54 pompen komt dat water terecht bij een speciale installatie bij de afvalwaterzuiveringsinstallatie bij Zaltbommel. Het gezuiverde water wordt geloosd op de Waal en niet meer op de Afgedamde Maas. Dat is belangrijk voor drinkwaterbedrijf Dunea, dat voor 1,4 inwoners van de Randstad drinkwater maakt uit de Afgedamde Maas. In het verleden moest de productie wel eens stilgelegd worden wegens watervervuiling uit de glastuinbouw.

Volgens het waterschap is het oppervlaktewater in de Bommelerwaard aantoonbaar schoner nu het aparte rioolstelsel in gebruik is genomen.