In het zogeheten onderzoek-Vandros onderzochten politie en justitie de rol van Holleeder in een reeks liquidaties. Het gaat om de volgende zaken:

De moord op Cor van Hout, Holleeders voormalige ‘bloedgabber’. Van Hout werd op 24 januari 2003 in Amstelveen doorzeefd met kogels uit een automatisch wapen, afgevuurd door de passagier op een motorfiets. Van Houts lunchpartner Robert ter Haak werd ook geraakt en bezweek later aan zijn verwondingen. De daders zijn vooralsnog niet gepakt.

De moord op Kees Houtman. Drugs- en vastgoedhandelaar. Houtman werd op 2 november 2005 bij zijn villa in Amsterdam-Osdorp doodgeschoten door Jesse R. en Peter la S. In het liquidatieproces Passage kreeg R. voor onder meer deze moord levenslang. La S. kreeg acht jaar. Hij was kroongetuige in Passage en kreeg strafvermindering. Ook in de zaak-Holleeder heeft hij verklaringen afgelegd.

De moord op John Mieremet, een bekende crimineel die jarenlang met Sam Klepper (geliquideerd in oktober 2000) een berucht duo vormde. Mieremet werd door een onbekend gebleven schutter vermoord in de Thaise badplaats Pattaya.

De moord op Willem Endstra, vastgoedmagnaat die volop zaken deed met criminelen. Endstra werd op 17 mei 2004 bij zijn kantoor in Amsterdam-Zuid doodgeschoten. Een zakenpartner raakte gewond. Holleeder had jaren een nauwe band met Endstra. De vermoedelijke schutter is overleden, tegen de rest van de dadergroep loopt de zaak nog.

De moord op Thomas van der Bijl, kroegbaas in Amsterdam en actief in de drugshandel. Van der Bijl werd op 20 april 2006 geliquideerd in zijn café. De schutters en organisatoren zijn veroordeeld.

Behalve voor deze moorden heeft het Openbaar Ministerie (OM) Holleeder ook aangeklaagd voor zijn rol in het criminele driemanschap dat hij met Dino Soerel en Stanley Hillis zou hebben gevormd.

Het OM heeft op 1 maart een levenslange gevangenisstraf geëist. In de moordzaken is Holleeder, al dan niet in samenspraak met Soerel en Hillis, telkens de opdrachtgever geweest, aldus het OM. Het bewijs tegen Holleeder bestaat uit vele getuigenverklaringen. Er is geen ander, zogeheten technisch bewijs. De meest opvallende getuigen waren Holleeders zussen Astrid en Sonja.

Holleeder heeft alle beschuldigingen ontkend. Zijn advocaten hebben integrale vrijspraak bepleit, omdat er in hun ogen geen bewijs is en er waarschijnlijk, alternatieve scenario’s zijn.

Willem Holleeder heeft een lange loopbaan in de misdaad. Met Cor van Hout en anderen ontvoerde hij in 1983 biermagnaat Freddy Heineken en diens chauffeur. Ook is hij veroordeeld voor afpersing, van onder anderen Willem Endstra en Kees Houtman.