Vanwege het eerste incident werd een deel van het Zwolse station afgesloten en waren op de perrons agenten met kogelwerende vesten te zien. Dit gebeurde na een melding van een passagier van een trein van Emmen naar Zwolle. De betreffende trein werd daarop voor het Zwolse station stilgezet en alle passagiers werden er een voor een uitgehaald, onder wie de twee aangehouden mannen.

Waarom ze werden aangehouden, weet een politiewoordvoerder nog niet. Berichten over een bommelding kon hij dan ook niet bevestigen. Wel is duidelijk dat de passagier die de melding deed, een andere persoon is dan de twee opgepakte mannen. Een deel van de passagiers die de trein moesten verlaten, deed dit met de handen op het hoofd. Waarom dat nodig was, kon de politiewoordvoerder niet vertellen.

Een halfuurtje nadat bekend werd dat twee personen waren aangehouden, gaf de politie het station vrij en kon het treinverkeer worden hervat. Kort daarna kwam echter een melding binnen over twee mensen die in het toilet van een trein aan het roken waren. Het arrestatieteam dat toch nog aanwezig was, pakte het tweetal op.