Minister Carola Schouten (Natuur) moet binnen 39 weken een nieuw besluit nemen. Daarin moet beter worden omschreven hoe de verstoring van vogels in natuurgebieden in de omgeving binnen de perken wordt gehouden. Er leven onder meer spechten, kluten en strandplevieren in drie beschermde Natura 2000-gebieden dicht bij de basis: Brabantse Wal, Markiezaat en Oosterschelde. Volgens de hoogste bestuursrechter moet onder meer bekeken worden in welke perioden van het jaar vogels extra gevoelig zijn voor verstoringen. Vliegbewegingen kunnen daar dan aan worden aangepast.

De luchtmacht leidt op Woensdrecht piloten op en wil de capaciteit uitbreiden. Verder worden er F-16’s en helikopters onderhouden. Het is de bedoeling dat ook het onderhoud aan de motoren van de nieuwe F35-straaljagers er in de toekomst gaat plaatsvinden, maar daar gaat deze vergunning niet over.