Pearl werd op 23 januari in Karachi in Pakistan ontvoerd. Hij was op weg naar een afspraak met de leider van een radicale moslimgroep die contacten zou onderhouden met het al-Qaida-netwerk van de Saudische terroristenleider Osama bin Laden. Zijn ontvoerders eisten vrijlating van een aantal terroristen dat gevangenzit in kamp X-Ray op de Amerikaanse basis Guantánamo op Cuba. De Amerikaanse autoriteiten gingen daar niet op in.

De Pakistaanse autoriteiten organiseerden een massale speurtocht naar Pearl. Men arresteerde daarbij onder meer Ahmad Omar Saeed, die aanvankelijk bekende dat hij de Amerikaanse journalist had ontvoerd. Later zei hij dat de ontvoering was georganiseerd door Amjad Faruqi. Deze laatste is spoorloos. Saeed verklaarde eerst dat Pearl nog leefde, maar zei later dat de journalist was gedood „tijdens een ontsnappingspoging.”

De Amerikaanse en Pakistaanse autoriteiten ontvingen donderdag een video met daarop beelden die de dood van Pearl „bevestigden.”

Volgens sommige bronnen is op deze video de „executie” van Pearl vastgelegd. Andere bronnen zeggen dat de video „alleen de dood van Pearl bevestigt.” De federale recherchedienst FBI onderzoekt momenteel de authenticiteit van de video. Het tijdstip van Pearls dood is nog niet vastgesteld en het is ook niet bekend wat de ontvoerders hebben gedaan met zijn lichaam.

President Bush reageerde geschokt op het bericht van de dood van Pearl. Hij sprak van een „barbaarse daad”, die Washington alleen maar extra kan motiveren in de strijd tegen het internationale terrorisme. Volgens Saeed was Pearl ontvoerd als protest tegen Pakistans samenwerking met de Verenigde Staten in de operaties tegen het Afghaanse Taliban-regime en tegen het al-Qaida-netwerk na de aanslagen van 11 september. De Pakistaanse leider generaal Pervez Musharraf heeft de inlichtingen- en politiediensten van zijn land opdracht gegeven „om iedereen die ook maar iets met de ontvoering te maken heeft op te pakken.”

Pearls vrouw Mariane -zeven maanden zwanger van hun eerste kind- heeft de afgelopen dagen verschillende oproepen gedaan om haar echtgenoot vrij te laten. Ook The Wall Street Journal riep de ontvoerders op om Pearl te laten gaan en om via hem hun boodschap wereldkundig te maken. Volgens hoofdredacteur Paul Steiger is de moord op Pearl „een verkrachting van wat de ontvoerders als hun boodschap verkopen.” Pearls familie in Californië reageerde geschokt. „Tot een paar uur geleden hoopten wij Danny levend terug te zien, maar de laatste berichten bevestigden onze bangste verwachtingen”, aldus de tekst van een verklaring van de familie.