De veranderingen zijn onder meer nodig vanwege veranderde overheidsregels op het gebied van de financiering van de zorg. Daarnaast schept de synode ruimte voor eventuele toekomstige betrokkenheid van andere kerken, wanneer dit voor voortbestaan van De Vluchtheuvel een „essentiële voorwaarde” is.

De kerken waarvoor de synode ruimte ziet om de organisatie mede te dragen, zijn de Gereformeerde Gemeenten in Nederland, de Oud Gereformeerde Gemeenten en de Hersteld Hervormde Kerk. Op voorstel van ds. A. Schreuder (Beekbergen) werd aan de besluittekst toegevoegd dat het identiteitsbeleid van De Vluchtheuvel niet ter discussie mag komen te staan.

Nu al worden met andere kerken soms afspraken gemaakt over gebruikmaking van diensten van De Vluchtheuvel. In de toekomst kunnen zij eventueel bestuurlijk participeren. Een eis van de synode is dat in de Raad van Toezicht en de Raad van Advies altijd de voorzitter en de meerderheid van de leden afkomstig is uit de Gereformeerde Gemeenten. De Raad van Bestuur, verantwoordelijk voor de dagelijkse leiding, moet bestaan uit een of meerdere leden van de Gereformeerde Gemeenten.

De Raad van Advies krijgt volgens deputaat ds. G. Heijkamp (Enkhuizen) een „sleutelfunctie” bij de borging van de identiteit van De Vluchtheuvel. De leden van die raad worden benoemd door de vier particuliere synodes van de Gereformeerde Gemeenten. Een soortgelijke constructie wordt ook bij andere instellingen toegepast.

Naast psychosociale hulp ondersteunt De Vluchtheuvel specifieke diaconale zorg, in opdracht van de kerken. Dat blijft ook in de toekomst het geval, maar de financiering hiervan wordt losgekoppeld van de overige activiteiten. Dat is nodig omdat de bedrijfsvoering van de organisatie moet worden afgestemd op concurrentie in de zorgmarkt.