Een reiziger ving in de trein een telefoongesprek op van een man die repte over een wapen. De reiziger vermoedde dat het ging om een valse melding naar de politie. Hij belde meteen noodnummer 112. Dit leidde tot een tijdelijke afsluiting van het station en de aanhouding van de beller en twee anderen die in zijn gezelschap reisden.

De passagiers moesten de trein verlaten. Agenten doorzochten de trein, gesteund door een politiehond. Er werd niets verdachts aangetroffen. De drie verdachten, in de leeftijd van achttien en negentien jaar uit Den Haag en Delft, zitten nog vast voor verhoor.

Woensdagochtend legde de politie nog een verband tussen de tijdelijke afsluiting van Leiden CS en de problemen op Schiphol dinsdagavond. Inmiddels is duidelijk dat „twee verschillende incidenten te snel zijn gekoppeld”. Het is „puur toeval” dat de Schiphol-verdachte in de trein zou hebben gezeten die in Leiden is doorzocht.