Karadzic werd op 21 juli 2008, na dertien jaar op de vlucht, in Belgrado in een stadsbus aangehouden en ruim een week later overgebracht naar de gevangenis in Scheveningen. Daar werd hij opgesloten in de speciale VN-vleugel. Zijn proces voor het Joegoslavië-Tribunaal begon op 26 oktober 2009 en eindigde op 7 oktober 2014.

Hij staat onder meer terecht wegens volkerenmoord. Die aanklacht gaat over de gruwelen die in de zomer van 1995 rond het Bosnische Srebrenica zijn gepleegd. De enclave zou worden beschermd door Nederlandse blauwhelmen, maar viel in handen van Bosnisch-Servische troepen. Vervolgens zijn duizenden mannelijke islamitische Bosniërs stelselmatig om het leven gebracht.

De voormalige politicus ondernam diverse pogingen het proces ongeldig te verklaren en te vertragen. Karadizic verdedigde zichzelf tijdens het proces.