Volgens het ecologisch onderzoeksbureau is er een waarschuwingssysteem ontwikkeld waardoor boeren vroegtijdig maatregelen kunnen nemen. Dergelijke preventieve stappen moeten worden genomen in jaren met weinig muizen en in de beginfase van de muizengroei.

Maatregelen voor het tegengaan van een muizenplaag kunnen onder meer zijn: het waterpeil verhogen, nestkasten voor roofvogels plaatsen en langdurige beweiding (koeien in het land in plaats van in de stal).

Door de muizenplaag van eind 2014 en begin 2015 veranderden vele duizenden hectares Fries grasland in een woestenij. Honderden veehouders moesten forse investeringen, soms tienduizenden euro’s per boer, doen om het grasland weer productief te krijgen. Ook moesten ze extra voer bijkopen voor hun vee. De totale schade liep volgens de land- en tuinbouworganisatie LTO in de tientallen miljoenen euro’s.