Endstra werd 17 mei 2004 voor zijn kantoor doodgeschoten. De Rus Namik Abassov die het Openbaar Ministerie (OM) ervan verdacht daadwerkelijk Endstra te hebben doodgeschoten, staat niet terecht. Hij overleed in maart 2012 in zijn cel aan een hersenbloeding.

Endstra, ‘de bankier van de onderwereld’ genoemd, werd toen hij werd doodgeschoten verdacht van witwassen. Hij had onder anderen contact met Willem Holleeder. Die heeft een gevangenisstraf uitgezeten voor afpersing van Endstra en anderen.

Het OM verdenkt Willem Holleeder er nu ook van opdracht te hebben gegeven Willem Endstra en anderen te vermoorden. Onderzoek hiernaar loopt nog. Holleeder zit daarom in voorarrest.