Spies was zeven jaar directeur van het hoofdstedelijke museum, dat voorheen bekendstond als het Amsterdams Historisch Museum. Onder zijn leiding werd het museum gemoderniseerd en opnieuw ingericht. Ook krikte hij het aantal bezoekers op en werkte hij aan samenwerking met andere musea. Zo zijn in museum de Hermitage zeventiende-eeuwse grote schuttersstukken uit het Amsterdam Museum te zien.

In Berlijn gaat Spies ook leiding geven aan de inrichting van een permanente expositie in het Humboldt-Forum, het keizerlijk paleis dat momenteel wordt herbouwd in het centrum van de stad.