Volgens het rapport hebben grootschalige processen zoals klimaatverandering, visserij, zandsuppleties, zandwinning, aanleg van dijken en natuurlijke sterfte grote invloed op het verdwijnen van goed gebied voor de vissen.

De daling is voornamelijk te zien bij jonge vissen van soorten zoals schol, schar en kabeljauw, die hun eerste levensfase in de Waddenzee doorbrengen. Bij vissen die de zee als vast leefgebied hebben, blijft het aantal gelijk of neemt het zelfs toe. Dit is het geval bij grondels, bot en botervissen.

De ondiepe Waddenzee is door de klimaatverandering een van de snelst opwarmende zeeën ter wereld. Dit is ongunstig voor de groei van sommige soorten.