Net als zijn leermeester Feike Asma was Bonefaas bezeten van het orgel. In 1941 speelde hij tijdens jeugddiensten in zijn geboorteplaats Rotterdam. Een jaar later kreeg hij zijn eerste aanstelling als organist, in de gereformeerde kerk van Sleeuwijk. In 1955 volgde zijn benoeming in de Grote Kerk van Gorinchem.

Tussen 1943 en 1951 stak Bonefaas zijn licht op bij Feike Asma. Hij sprak later met waardering over Asma, maar is nooit een kopie van hem geweest. „Asma zette me op het spoor van de Franse orgelliteratuur, van Widor en Vierne. Hij leerde me het orkestrale element in mijn spel leggen en grote lijnen in de muziek zien. Hij legde de basis, voor de rest ben ik autodidact”, zei hij in een interview met deze krant.

Bonefaas was jarenlang muziekdocent in het middelbaar onderwijs, gaf orgelconcerten in binnen- en buitenland en leidde verschillende koren. Verscheidene malen trad hij op als orgeladviseur. Hij gaf interpretatie- en improvisatielessen. Misschien is Bonefaas -een romanticus in hart en nieren- nog het meest bekend vanwege zijn sterk persoonlijk getinte improvisaties. De Frans-romantische toonzetting ervan, het symfonische met een mystieke inslag, noemde hij zijn handelskenmerk. Hij voelde zich thuis bij de muziek van Vierne vanwege diens impressionistische inslag en het kleurenpalet dat deze gebruikte. Ook in Bonefaas’ composities klinkt die verbondenheid met Vierne door. Met Reger deelt hij de veelvuldige wisseling van toonaarden.

De musicus componeerde psalmbewerkingen en symfonieën voor orgel en verschillende vocale werken voor koor en solisten, waaronder een Te Deum en een oratorium over het bijbelboek Openbaring. Met zijn gaven wilde hij heenwijzen naar God, voor hem „de Bron van alle christelijke kunsten.”

De zondag was voor Bonefaas het hoogtepunt van de week: „Gemeentezang maakt wat bij me los, ontroert me. Een bijdrage leveren aan het verkondigen van Gods lof is het meest waardevolle aspect van mijn werk.” Bonefaas’ betrokkenheid bij de eredienst kwam vorig jaar tot uiting in zijn bijdrage aan de door deze krant en de Orgelvriend georganiseerde muziekprijsvraag. Hij beoordeelde als jurylid de psalmbewerkingen van amateurs en stelde zijn orgel beschikbaar voor het concert door de winnaars van genoemde prijsvraag.

Bonefaas was vergroeid met ’zijn’ drieklaviers Bätz-Witte-orgel, dat hij typeerde als krachtig, warm, sprankelend en deftig. Die deftigheid straalde hij zelf ook uit. Zijn gasten ontving hij met veel egards bij zijn instrument of in het door hemzelf getimmerde kamertje op de orgelzolder. In hem verliest de Nederlandse orgelwereld een markant musicus met een heel eigen gezicht.