„Het blijkt niet langer haalbaar om met particulier geld onafhankelijk hoogwaardig economisch onderzoek te bekostigen en het maatschappelijk debat aan te jagen”, verklaarde het bureau zijn afscheid. Nyfer heeft 200 onderzoeksrapporten gepubliceerd, artikelen geschreven en debatten, congressen en workshops georganiseerd.

Het sinds 1995 bestaande Nyfer had een tekort aan opdrachten en gebrek aan geld. E. Bomhoff richtte de stichting op uit onvrede over de rekenmodellen die het CPB hanteert om de effecten van economisch beleid uit te rekenen. Tijdens zijn periode als minister van Volksgezondheid (2002) had Bomhoff een fors meningsverschil over het CPB met toenmalig minister Heinsbroek van Economische Zaken. Dit en andere conflicten tussen beide LPF-bewindslieden leidden uiteindelijk tot de val van het eerste kabinet-Balkenende.

Nyfer was gespecialiseerd in onderzoek voor vrijwel alle ministeries, veel grote gemeenten, financiële instellingen en organisaties op het snijvlak van politiek en samenleving. Een onderdeel van Nyfer blijft bestaan. De afdeling die zich richt op toegepast wetenschappelijk onderzoek wordt omgevormd tot een bv. Verder proberen de medewerkers het jaarlijkse vergelijkend onderzoek onder gemeenten voort te zetten.

Een woordvoerster van het CPB zegt in een reactie dat het „altijd jammer is als een onderzoeksinstituut verdwijnt.” Volgens haar is het CPB voorstander van zo veel mogelijk concurrentie. „Dat houdt je scherp.”

De woordvoerster bestrijdt dat Nyfer de enige concurrent was van het CPB. „Je hebt diverse van dergelijke bureaus. Een instituut als Ecorys in Rotterdam is vele malen groter dan Nyfer. Bovendien was Nyfer niet onze enige concurrent als het gaat om ramingen. De Nederlandsche Bank en de Rabobank komen ook regelmatig met ramingen.”