1998: Een kwart van de havo’s en de vwo’s begint het nieuwe schooljaar met een geheel nieuwe bovenbouw. De traditionele vakkenpakketten maken plaats voor vier profielen: natuur en techniek, natuur en gezondheid, economie en maatschappij en cultuur en maatschappij. Samen met een andere manier van lesgeven, het studiehuis, moet het nieuwe onderwijs de leerlingen beter voorbereiden op het hoger onderwijs.(is0(

1999: Al vrij snel nadat de andere scholen ook de tweede fase hebben ingevoerd, ziet het Tweede Fase Stakingscomité het licht. In december protesteren duizenden scholieren in Den Haag tegen de veel te hoge studielast.

Staatssecretaris Adelmund van Onderwijs toont zich half december al gevoelig voor de noodkreten en komt de scholieren tegemoet. In het woud aan praktijkopdrachten snoeit ze flink en het omstreden nieuwe vak algemene natuurwetenschappen krijgt een minder prominente plaats in het onderwijsprogramma. De maatregelen zijn tijdelijk.

2000: Nauwelijks een maand later blijkt dat de aanpassingen maar erg tijdelijk zijn. Scholen en leraren lopen vooral te hoop tegen de aantasting van algemene natuurwetenschap, dat op het havo een keuzevak wordt en op het vwo veel minder uren krijgt. Adelmund draait dit terug, maar maakt het vak lichter door onderdelen te schrappen. De deeltalen Duits en Frans blijven ook verplicht en geen keuzevak. De praktijkopdrachten gaan minder zwaar meetellen in het eindexamen.

2001: Nadat verscheidene onderzoeken aan het licht hebben gebracht dat scholieren zich nog steeds uit de naad moeten werken om goede cijfers te halen, stelt de onderwijsinspectie eind november voor de tweede fase opnieuw minder moeilijk te maken.

2002: Opnieuw neemt staatssecretaris Adelmund de kritiek ter harte, maar ze denkt nu iets langer na. Vakken zoals geschiedenis en maatschappijleer zijn niet langer voor iedereen verplicht, de deeltalen verdwijnen en scholen krijgen meer vrijheid, staat er in de plannen die ze in januari naar buiten brengt.

2003: Onderwijsminster Van der Hoeven borduurt voort op de ideeën van Adelmund, maar gaat omzichtig te werk. Een eerste plan oogst vooral de kritiek dat ze te veel snoeit in de exacte vakken. Van der Hoeven komt hieraan tegemoet door wiskunde weer meer uren te geven dan ze aanvankelijk van plan was. Bovendien maakt ze het profiel natuur en gezondheid zwaarder door er natuurkunde aan toe te voegen. Als vooral dit laatste punt eind oktober in de Kamer weer tot weerstand leidt, is de minister het beu en kondigt ze een nieuw plan aan, waarin alle profielen even zwaar zijn.