Vogelaar werd in 1944 in Tilburg geboren als Frans Broers. In 1962 ging hij in Nijmegen Nederlands en filosofie studeren. Hij debuteerde in 1965 met een poëziebundel. Daarna ging hij verder met experimentele proza in romans als De komende en de gaande man (1965), Anatomie van een glasachtig lichaam (1966) en Raadsels van het rund (1978). Hij schreef toen nog onder de naam Jacq Firmin Vogelaar. Het boek De dood als meisje van acht uit 1991 was een ommekeer in zijn schrijverschap, het was een toegankelijke roman.

In de jaren 70 begon hij met het schrijven van kritieken en essays voor de Groene Amsterdammer. In 2006 verscheen zijn indrukwekkende studie ‘Over kampliteratuur’, een verslag van zijn zoektocht naar literatuur over de goelag-kampen en Duitse concentratie- en vernietigingskampen.

In datzelfde jaar ontving Vogelaar de Constantijn Huygens-prijs voor zijn gehele oeuvre. Eerder ontving hij ook de Pierre Bayle-prijs (1999) en de Frans Erens-prijs (1995) en de F. Bordewijk-prijs 1992 voor De dood als meisje van acht, dat ook werd genomineerd voor de AKO Literatuurprijs.

Jacq Vogelaar wordt woensdag begraven in Amsterdam.