Uit een geheime nota van het ministerie van Buitenlandse Zaken uit die tijd blijkt dat Spoor een eigen, verborgen oorlog voerde tegen de Indonesische Republiek. Tijdens de politionele acties sloot Spoor een verbond met de islamitische verzetsbeweging Darul Islam en de communistische strijdgroep Bambu Runcing. Hij voorzag die bewegingen van geld en wapens, op voorwaarde dat ze zich niet meer tegen de Nederlanders zouden richten en mee zouden vechten tegen het Republikeinse leger. De Nederlandse autoriteiten en zijn eigen generale staf wisten daar niets van.

Volgens Willems dacht Spoor dat de Indonesiërs vanzelf weer voor Nederland zouden kiezen, zodra de Republikeinse ‘roversbendes’ zouden zijn uitgeschakeld.

Spoor was tot zijn plotselinge dood in 1949 de commandant van het Nederlandse leger in de Indonesische archipel. Hij was een geliefd generaal. Maar dat beeld moet worden bijgesteld nu de ‘geheime oorlog’ van Spoor aan het licht is gekomen, vindt Willems. Dat die nooit eerder bekend is geworden, kwam doordat mensen die erbij betrokken waren, zoals commandant Raymond Westerling en de leider van Darul Islam, er nooit met een woord over hebben gerept.