Muskens liet zich onder meer door zijn uitspraak over het brood kennen als een eigenzinnig man die geen blad voor de mond nam. Teleurgesteld over de Troonrede van 1996 zei hij dat politici doelbewust het bestaan van armoede in Nederland verzwijgen. De toenmalige premier Wim Kok reageerde verbolgen, maar na een gesprek in het Torentje noemde hij Muskens een bondgenoot in de strijd tegen de armoede.

Ook bij omstreden vragen in de RK-Kerk durfde Muskens zich uit te spreken. In tegenstelling tot toenmalig paus Johannes Paulus II en de overige Nederlandse bisschoppen bepleitte Muskens de verstrekking van condooms in Afrika om de ziekte aids te voorkomen. Ook toonde hij zich voorstander van het afschaffen van het verplichte celibaat voor priesters en pleitte hij voor een veel grotere rol van vrijwilligers en vrouwen in de kerk.

Muskens werd in juli 1994 benoemd tot bisschop van Breda. Hij gaf de aanzet tot een koerswijziging van de Nederlandse bisschoppen: van polarisatie naar dialoog. Het Vaticaan had hem in 1993 gevraagd de tekst te schrijven van een toespraak van de paus, die de Nederlandse bisschoppen daarin aanspoorde in gesprek te gaan met alle groeperingen in de Nederlandse RK-Kerk, inclusief de progressieve Acht Mei Beweging.

Na zijn priesterwijding werd Martinus Petrus Maria Muskens kapelaan. Vervolgens studeerde hij missiologie aan de Katholieke Universiteit Nijmegen. Daarna werkte hij acht jaar op het secretariaat van de Indonesische bisschoppenconferentie. Hij was mede-auteur van een vijfdelige geschiedenis van de Rooms-Katholieke Kerk in Indonesië. In 1978 werd hij rector van het Nederlands College in Rome. Hij stelde het huis, waar ook Nederlandse priesterstudenten verbleven, open voor studenten uit de Derde Wereld, vooral Indonesië, India en Nigeria.

Na twee herseninfarcten herstelde Muskens weliswaar grotendeels, maar hij moest zich wel beperkingen opleggen. Na zijn werk als bisschop verhuisde hij naar het kloosterbejaardenoord Zuiderhout en werd hij monnik door toe te treden tot de benedictijnen. Daarna sloot hij zich aan bij de Missionarissen van Scheut. Muskens overleed in de nacht van dinsdag op woensdag op 77-jarige leeftijd.