Utrechters mochten in een raadgevend referendum op 10 oktober 2007 kiezen tussen hem en Ralph Pans, eveneens een PvdA’er. „Een fopspeen”, noemde de SP het referendum toen; er was veel kritiek op het feit dat beide kandidaten van sociaaldemocratische huize kwamen.

Het referendum liep uit op een fiasco: slechts 21.664 Utrechters kwamen opdagen, 9,36 procent van de stemgerechtigden. Omdat de opkomst onder de 30 procent lag, werd de volksraadpleging ongeldig verklaard. Ralph Pans kreeg 4914 stemmen, Aleid Wolfsen 13.014.

De kritiek op Wolfsen werd luider toen in 2009 de uitgever van het huis-aan-huisblad Ons Utrecht een oplage van de krant liet herdrukken na contact met de burgemeester. Wolfsen was niet blij met een artikel in de krant over zijn woonkostenvergoeding. Ook had hij contact met het AD, dat een artikel over hetzelfde onderwerp niet publiceerde. Wolfsen ontkende druk uit te hebben geoefend, maar zei later tegen de gemeenteraad dat hij het „allemaal niet zo had moeten doen.”

Later dat jaar kreeg hij kritiek op het vermeende buitensporige declaratiegedrag door het college van B en W. Ook zou Wolfsen de kosten voor een voorstelling van een musical bij de gemeente hebben gedeclareerd.

In 2007 presenteerde Wolfsen zich als burgemeesterskandidaat met veel aandacht voor openbare orde, veiligheid en „de prioriteitstelling van problemen, in overleg met de bewoners van de wijken.” „Want hoe kun je trots zijn op je straat als die smerig is?”, zei hij toen.

Dit jaar kwam hij nog eens extra onder vuur te liggen vanwege zijn aanpak van de situatie rondom een homostel dat werd weggepest uit de vinexwijk Leidsche Rijn. De burgemeester bood onlangs zijn excuses aan voor de manier waarop de kwestie was aangepakt en gaf toe dat er veel fouten waren gemaakt. Zo had er eerder een camera moeten worden geplaatst en gaf hij toe dat het dossier dat naar het gerechtshof in Arnhem werd gestuurd, onvolledig was.

Donderdag lag hij om de kwestie opnieuw flink onder vuur omdat er documenten over de zaak zijn vernietigd.