Aan het einde van de middeleeuwen zat de parochiekerk Sint-Jan elke zondag vol. Het was dringen rond de 45 altaren, die waren gewijd aan evenzoveel heiligen. Celebranten moesten zich aan een strak misrooster houden.

In veel straten stonden kapellen, waarvan nu nog de Jeruzalemkapel aan de gelijknamige straat en de Sint-Joostkapel aan de Lage Gouwe te zien zijn. Maar liefst tien kloosters bevonden zich aan het einde van de middeleeuwen in Gouda, zoals het Sint-Agnesklooster aan de Zeugstraat, waarvan alleen nog de kapel resteert. Die is tegenwoordig in gebruik als receptie- en expositieruimte.

In Gouda liepen tussen 1380 en 1520 amper ketters rond. Maar volgens historici was het godsdienstig leven zeker niet zonder spanning. De radicaliteit waarmee sommige mensen het steeds populairder wordende armoede-ideaal omarmden, viel niet bij iedereen in goede aarde. De notabele dame Machteld Casijns bedelde in een schamel kleed voor het levensonderhoud van haar medezusters, terwijl Johan Pupper van Goch met zijn compomisloze prediking de hele clerus tegen zich in het harnas joeg.

Het armoede-ideaal van de broeders des gemenen levens, kritiek op misstanden bij de geestelijkheid en in het kloosterwezen – het waren voortekenen van het Bijbels humanisme van Desiderius Erasmus en de grote Hervorming in de zestiende eeuw.

Volgens sommige geleerden was Erasmus een Gouwenaar. In ieder geval is duidelijk dat hij een onwettige zoon was van de Goudse priester Rotger Gerrits en diens dienstmaagd Margaretha. Vanaf een jaar of drie, vier ging Erasmus onder toezicht van zijn vader naar de grote school in Gouda. In 1487, na zo’n tien jaar studie in Utrecht, Deventer en ’s-Hertogenbosch, keerde hij terug naar Gouda om in het klooster Stein, buiten de stad, tot priester te worden gewijd. In 1517, het geboortejaar van de Reformatie, kreeg Erasmus dispensatie en verliet hij het klooster. Toen hij later als Bijbeluitlegger in heel Europa beroemd was geworden, bleef men in Gouda zijn verrichtingen met sympathie volgen.

Het duurde niet lang of ook de volgelingen van Maarten Luther lieten in Gouda van zich horen. De eerste keer was in 1529. Een zekere Weyn Brouwers zou in een kapel een pamflet hebben uitgereikt, waarna zij met haar dochter de stad werd uitgejaagd. „Lutherse hoer, naar de brandstapel”, riepen de mensen haar na.

De bevolking bleef trouw aan de oude waarheid, maar er zouden meer incidenten volgen. Drie jaar later veroordeelde het gerecht de borduurwerkster Rijke van Hamburgh wegens ketterij. Haar straf bestond uit een bedevaart naar het Heilige Land. Een zekere Jannichgen weigerde een knieval te maken voor de eucharistie of met werken op te houden als het sacrament langs haar huis werd gedragen en spuwde venijn over de geestelijkheid.

Tolerantie was in Gouda het toverwoord. Het was protestanten zelfs toegestaan om in Gouda hun kritische geschriften te laten drukken. De Beeldenstorm in 1566 ging de stad dan ook geruisloos voorbij.

Gouda stelde zich verdraagzaam op, ook nadat de stad in juni 1572 de zijde van prins Willem van Oranje had gekozen in zijn strijd tegen de rooms-katholieke heerser Filips de Tweede. Het stadsbestuur kwam met geuzencommandant Van Swieten overeen dat er godsdienstvrijheid zou zijn. Niemand mocht kerken en kloosters binnendringen.

Maar de geuzen hielden zich niet aan hun afspraak. Ze sloopten veel kloosters en plunderden de Sint-Janskerk. Het stadsbestuur deed de kerk direct op slot, waardoor de schade meeviel. De gebrandschilderde ramen, de zogeheten Goudse Glazen, bleven gespaard.

Na de inname van Gouda door de geuzen zette het stadsbestuur weer voorzichtige stappen richting godsdienstvrede. Het stelde een liturgisch compromis in de Sint-Jan voor om rooms-katholieken en reformatorischgezinde burgers te vriend te houden. Pastoor Schoonhoven mocht niet langer de heilige mis lezen, maar moest zich beperken tot een predicatie zonder altaardienst. De pastoor weigerde, waarop de overheid hem ontsloeg.

De Reformatie in Gouda was definitief een feit.