De priester heeft zich mogelijk schuldig gemaakt aan seksueel misbruik in Negombo in Sri Lanka, waar hij ontwikkelingswerk deed. Volgens NRC Handelsblad en de Wereldomroep volgt de aangifte op vragen van hun redacties aan het bisdom. Het bisdom laat weten naar aanleiding van de berichten een oriënterend onderzoek te hebben ingesteld en wil het nu verder laten afhandelen door het openbaar ministerie.Het bisdom werd in 2009 al geïnformeerd over mogelijk seksueel misbruik en ook mogelijke financiële malversaties door de priester. Volgens het bisdom is er naar aanleiding van de geruchten met enkele personen gesproken en gezocht naar bevestiging van de verhalen die over de priester de ronde deden. Maar dit „oriënterend onderzoek” leverde niet genoeg resultaat op om de beschuldigingen te rechtvaardigen. Eerder, in 1995, sprak het bisdom ook al „indringend” met de priester omdat hij de celibaatsgelofte niet zou naleven. Volgens het bisdom was er toen geen aanleiding om zijn pastorale opdracht in te trekken.

Volgens de redacties van NRC en de Wereldomroep zou de man in de jaren negentig werkzaam zijn geweest als pastoor in Dordrecht en in die functie relaties met jongens hebben gehad. Van Luyn zou hem daarvoor hebben berispt, maar promoveerde hem toch tot deken in Den Haag.