Volgens historicus Willem Otterspeer ligt sinds de restauratie van het pand de klemtoon meer op het historische karakter van het gebouw. „Bij de restauratie is het onze bedoeling geweest om per zaal een bepaald tijdperk van het gebouw er uit te lichten. Zo wordt duidelijk dat dit gebouw in de loop der eeuwen een groei heeft doorgemaakt.”Mooi voorbeeld is het klein auditorium, dat in de negentiende eeuw kunstig werd versierd bij een restauratie onder leiding van Pierre Cuypers en Jacobus van Lokhorst. De zaal is teruggebracht in de neogotische stijl die de architecten hem meegaven. Otterspeer schuift het gordijn voor de hoge ramen opzij om een stukje van de oorspronkelijke versiering te laten zien. Het enigszins verbleekte verfwerk is in de rest van de zaal in heldere kleuren overgeverfd. Door de vensters aan de westkant valt het licht op een schilderij van Witkam uit 1848, dat op dramatische wijze toont hoe burgemeester Van der Werff zijn lichaam aan de uitgehongerde Leidenaren ten offer biedt.

In de verzameling van zo’n 400 hoogleraarsportretten is een ontwikkeling te zien. Otterspeer: „In het begin schonken begunstigers en hoogleraren vaak een manshoog portret. In de vernieuwde togazaal kun je dat goed zien. Willem van Oranje en Maurits staan er van top tot teen op.” De eerste honderd jaar van haar bestaan is de universiteit nog niet zo kritisch over welke knappe koppen er wel en welke niet een plek krijgen. „Erasmus en Thomas Moore hadden weinig met de Leidse universiteit van doen, maar hun gedachtegoed sprak blijkbaar zo tot de verbeelding dat ze toch een gezicht kregen in het Leidse Academiegebouw. De traditie van het professorenportret ligt in het verlengde van het meer algemene geleerdenportret.”

Otterspeer signaleert dat de schilderijen in de loop der jaren expressiever worden. Als voorbeeld noemt hij het doceergebaar, dat in de loop van de 17e eeuw meer voorkomt: duim en wijsvinger op elkaar, de drie overige vingers geheven. De schilders durven steeds meer vrijheid te nemen en de hoogleraren laten zich gewillig in wonderlijke houdingen op het doek zetten: Gronavius, die Grieks doceerde, wijst met zijn rechterhand Griekenland aan op de wereldbol. „Hij is er nooit geweest, maar vond het blijkbaar wel leuk om zich zo te laten portretteren.”

In de Senaatszaal, waar de meeste portretten te zien zijn, kijkt de Vader des Vaderlands vanaf de met bladgoud en wapens opgesmukte schouw de zaal in. Dit huldebetoon heeft Oranje te danken aan zijn initiatief voor de oprichting van de Leidse universiteit. Willem van Oranje noemt de universiteit „een vast blochuys ende bewaernisse der gantscher landen.”

In het Groot Auditorium bestaat de portrettengalerij vooral uit de beeltenissen in de gebrandschilderde ramen aan de zijde van de Nonnensteeg. Hugo de Groot, met puntbaardje, toont het boek ”De iure belli ac pacis”, zijn meesterwerk over het oorlogsrecht. Op 11-jarige leeftijd volgde hij al colleges aan de Leidse rechtenfaculteit. De hoge ramen, het spreekgestoelte en de lange rijen rechte banken geven het vertrek een gewijde sfeer.

Otterspeer is ook trots op de togazaal, waar sinds kort alle toga’s van de Leidse hoogleraren op rij hangen. Eerder hingen die verspreid over allerlei kamertjes in het gebouw. Soberheid is het kledingvoorschrift van de Leidse universiteit. „Geen witte bef, maar een zwarte das en zwarte schoenen. Met sneakers onder je toga kom je er niet meer in.” De toga van Cleveringa kreeg een aparte vitrine, omdat hij in de Tweede Wereldoorlog een lans brak voor zijn ontslagen Joodse collega’s. In deze tabbaard sprak de rechtsgeleerde op 26 november 1940 een lezing uit om te protesteren tegen de arrestaties. Het kostte hem een jaar gevangenschap in Auschwitz.

Volgens de Leidse geschiedkundige heeft dat verlangen naar vrijheid de geschiedenis van de Leidse universiteit gekenmerkt. Bij de oprichting in 1575 luidde het motto van Willem van Oranje al: „Een vast stuensel en onderhoudt der vryheyt.”

Een nieuw soort vrijheid kondigt zich aan: vanaf 1 september krijgt Jan en alleman de kans om met een gids het Academiegebouw te bekijken. Daarmee is het pand niet langer het domein van de academische elite, maar kent het de vrije toegang van een museum.