Rodrigues was maandenlang voorzitter in het eerste grote Srebrenica-proces voor het Joegoslavië-tribunaal, waarbij de Bosnisch-Servische generaal Krstic tot 46 jaar cel werd veroordeeld.

Rodrigues, die naar zijn geboorteland Portugal terugkeert, zag tijdens de zaak-Krstic tientallen getuigen aan zich voorbijtrekken. Voormalige VN-soldaten van Dutchbat die de Bosnische moslimenclave niet konden beschermen tegen de Servische overmacht, overlevenden die zich na massa-executies urenlang stil hadden gehouden onder stapels lijken, vrouwen die al jaren in onwetendheid verkeren over het lot van man of zonen en tal van deskundigen.

De rechters in de zaak-Krstic weten meer dan pers en publiek, omdat het tribunaal geregeld besloten zittingen hield. Het VN-hof maakt ook gebruik van bijvoorbeeld informatie van westerse geheime diensten, maar die mag vaak niet openbaar worden gemaakt. Op basis van dit alles concludeert Rodrigues op persoonlijke titel dat Dutchbat, dat vaak lafheid wordt verweten, onder de omstandigheden van juli 1995 zijn best heeft gedaan. „Het zou zeer moeilijk zijn geweest anders te handelen. Zij hebben naar mijn mening gedaan wat mogelijk was om te doen." Anderen treft meer blaam voor het feit dat de internationale gemeenschap de moord op duizenden moslims niet heeft kunnen voorkomen. Namen wil Rodrigues niet noemen. Eerder zijn in dit verband VN-functionarissen zoals de Japanner Akashi en de Franse generaal Janvier genoemd, die aarzelden krachtdadig in te grijpen toen de redding van Srebrenica wellicht nog mogelijk was.

Opmerkelijk is dat na de 94 zittingsdagen die hij zich over de tragedie van Srebrenica heeft gebogen, ook voor Rodrigues nog steeds niet duidelijk is hoe het kon komen tot deze zwaarste oorlogsmisdaad op Europese bodem sinds de Tweede Wereldoorlog, zoals ‘Srebrenica’ vaak wordt omschreven. „Het antwoord op deze vraag is nog niet gevonden."

Films
Rodrigues heeft de verschrikkelijkste verhalen moeten aanhoren, over gruwelijke moorden, verminkingen en verkrachtingen, over onmetelijk leed, wanhoop en zelfmoorden. „Dingen waarvan ik dacht dat zij alleen in films of in de verbeelding bestonden." Toch heeft de Portugees door de jaren in Den Haag zijn geloof in de mensheid niet verloren, integendeel. Zeker, de mens is in staat tot kwaad, maar die aanleg ontwikkelt zich maar onder bepaalde omstandigheden. „Zoals Bertolt Brecht zei: er zit altijd een beest in ieder mens en vaak zijn er omstandigheden die dat beest naar buiten laten komen", aldus Rodrigues. Zijn hoop is gevestigd op een voortdurend proces van opvoeding en beschaving, waarin strafrechtspleging een belangrijke rol speelt.

De opvatting dat er in een oorlog nou eenmaal misdaden worden gepleegd, moet bestreden worden. Daarom vindt Rodrigues zijn werk voor het tribunaal zo belangrijk: het VN-hof moet afschrikken door te laten zien dat er geen straffeloosheid is voor oorlogsmisdaden. Behalve het belang van gerechtigheid en vrede benadrukt Rodrigues het belang van het tribunaal voor de slachtoffers. Tal van Srebrenica-overlevenden bedankten hem voor de mogelijkheid te komen getuigen. De wetenschap dat de schuldigen worden berecht en gestraft, is voor de slachtoffers „een enorme morele bevrediging."

De zware zittingsdagen met de lange verhoren vond de 51-jarige Rodrigues ook fysiek een enorme belasting. De collega’s die met hem op de zaak zaten, Patricia Wald (Verenigde Staten) en Fouad Riad (Egypte), zijn inmiddels 73. Als voorzittend rechter zorgde hij ervoor dat zijn collega’s, evenals andere personeelsleden van de strafkamer die soms erg gedeprimeerd raakten, regelmatig samen gingen sporten om het proces te kunnen doorstaan.

Ook organiseerde hij Portugese diners en fado-avonden. Hij keert naar zijn vaderland terug met een „versterkte band met de Nederlanders", volgens hem het volk in Europa dat –naast de Portugezen natuurlijk– het meest houdt van de fadomuziek. De Nederlandse taal heeft Rodrigues bij gebrek aan tijd niet geleerd tijdens zijn vier jaar in Den Haag. Tijdens de processen sprak hij Frans, naast het Engels een van de twee officiële talen van het tribunaal. Thuis in Lissabon gaat Rodrigues zich bezighouden met een centrum voor documentatie en ontwikkeling van het internationale oorlogsrecht.