Het tweetal wordt beschuldigd van betrokkenheid bij de „etnische zuiveringen” tijdens de oorlogen in Kroatië en Bosnië van 1991 tot 1995. Kroaten en moslims werden toen vermoord en gedeporteerd uit de gebieden die de Serviërs voor zichzelf claimden. Stanisic en Simatovic hebben volgens de aanklagers gehandeld in een „gemeenschappelijke criminele onderneming” met Milosevic en met de leiders van de etnische Serviërs in Bosnië en Kroatië, Radovan Karadzic en Milan Martic.Milosevic heeft meer dan vier jaar lang, van 2002 tot 2006, terechtgestaan voor het tribunaal. Hij overleed op 11 maart 2006 in zijn Scheveningse VN-cel voordat vonnis kon worden gewezen.

Milosevic oefende meer macht uit dan hem formeel toekwam als president van Servië, toen nog slechts een deelrepubliek van Joegoslavië. Hij maakte gebruik van parallelle machtsstructuren naast de officiële staatsinstellingen. Belangrijke instrumenten waren het Joegoslavische volksleger, dat onder Servische dominantie werd gebracht, en de geheime diensten.

Met Stanisic en Simatovic staan voor het eerst belangrijke kopstukken van die geheime diensten terecht voor het VN-hof in Den Haag. Stanisic was de baas van de staatsveiligheidsdienst DB van 1991 tot 1998. Simatovic gaf leiding aan de eenheid voor speciale operaties” van de DB.

Onderdeel van de DB waren volgens de VN-aanklagers de Schorpioenen, een speciale eenheid die na de val van Srebrenica moslimmannen executeerde. Een video van een executie is tijdens het proces-Milosevic in de rechtszaal getoond en zorgde destijds voor veel ophef.

De DB zou volgens de VN-aanklagers hebben samengewerkt met schimmige organisaties zoals de ”Tijgers” van de inmiddels vermoorde militieleider Arkan en met milities van de ultranationalist Vojislav Seselj, de leider van de SRS, de grootste partij van Servië.

De tenlastelegging duidt zowel op misdaden tegen de menselijkheid en oorlogsmisdaden als moord, vervolging om politieke of religieuze redenen, deportatie en onmenselijke handelingen. Stanisic en Simatovic zouden die misdaden hebben aangestuurd en georganiseerd en de daders hebben uitgerust, getraind en gefinancierd. Belgrado leverde hen na de val van Milosevic uit aan het tribunaal.