Vlak voor het beslissende debat in de Tweede Kamer over de tweede fase, waarmee vastgelegde vakkenpakketten werden ingevoerd, stuurde de Algemene Onderwijsbond (AOb) een fax waarin hij zijn goedkeuring aan de vernieuwing gaf. Het parlement stemde vervolgens in met het plan.Een week voor het Kamerdebat was de AOb nog tegen de tweede fase. Volgens Jan Jimkes, oud–conrector en klokkenluider van deze ingrijpende vernieuwing in het onderwijs, sloeg het politieke debat over de voors en tegens van de tweede fase dood nadat de AOb zijn fax had verstuurd.

Jimkes stelt dat de bond een deal met Netelenbos had gemaakt. Als gevolg brak het verzet in de Tweede Kamer, zegt hij. „De zaak was politiek afgekaart." Tichelaar, tegenwoordig fractievoorzitter van de PvdA, erkent dat de AOb vreesde dat er bij uitstel van de tweede fase geen geld voor de invoering beschikbaar zou zijn. Het onderwijsveld afficheerde hem in die dagen als Jacques Fax.

De onderzoekscommissie onder leiding van PvdA’er Jeroen Dijsselbloem verbaast zich erover dat de AOb in de fax niet meer dan 50 miljoen vroeg voor de invoering. Procesmanagers die de verandering begeleidden, hadden de kosten op 90 miljoen getaxeerd. Tichelaar zegt dat hij ervan uitging dat een nieuw kabinet (na Paars I) opnieuw met eenzelfde bedrag zou komen.

De vroegere AOb–voorzitter meent dat het geld overigens maar zeer beperkt is besteed aan de bijscholing van leraren, waarvoor het bestemd was. Tichelaar stelt verder dat de AOb het met Netelenbos eens was dat scholen met zeer moeilijk lerende kinderen in het vmbo moesten worden geïntegreerd. In die schoolvorm is het perspectief voor die leerlingen op een baan het grootst, aldus Tichelaar.

Het werkverband, dat zich met scholen voor deze kinderen bezighield, verzette zich daartegen. Vertegenwoordigers van het werkverband spraken tegen de commissie van chantage door Netelenbos. Tichelaar ontkent dat de AOb daaraan heeft meegewerkt.

Jimkes vergeleek de tweede fase met „een boot die werd voorzien van de vlag van het studiehuis, in het water geduwd en die aan alle kanten lek bleek. Staatssecretaris Adelmund heeft nog geprobeerd bagage overboord te gooien. Het probleem zat echter in de constructie." Bij de introductie van de vernieuwingen was veel aandacht voor het studiehuis en te weinig voor de structuur van de nieuwe pakketten (profielen), aldus Jimkes.

Actievoerders vertelden de commissie dat er weinig is terechtgekomen van de betere aansluiting van voortgezet op hoger onderwijs die de tweede fase moest bewerkstelligen. „Ik heb nooit begrepen hoe de verbreding van het vakkenpakket zou kunnen leiden tot het verkleinen van de kloof met het hoger onderwijs", zei Marc Gebuis, die in december 1999 de massale scholierenstaking tegen de tweede fase organiseerde.

Zijn actie had onmiddellijk succes; Adelmund verlichtte het lesprogramma. Minister Van der Hoeven reageerde in 2006 eveneens vlot op de Lieve Maria–brief. Daardoor werden de scholieren iets minder gekort op de uren wiskunde. De actie van studente Gonny Hauwert had tot doel de scholieren beter voor te bereiden op een studie in de bètavakken.