De Bijzondere Collecties omvatten meer dan duizend deelcollecties met materiaal van voor 1850, maar ook enkele ’moderne’ verzamelingen van na die tijd. Tot de collectie behoren bijvoorbeeld eeuwenoude atlassen, handschriften van Hooft, Vondel en Multatuli, middeleeuwse handschriften, achttiende–eeuwse joodse amuletten op perkament, pamfletten en overheidsdrukwerk. De unieke verzameling is vanaf 1578 bijeengebracht door aankopen, schenkingen en bruiklenen.Voor de kwetsbare stukken gaf de UvA opdracht tot de bouw van een bibliotheek die meegaat met zijn tijd. Voor het nieuwe onderkomen is het voormalige Sint Bernardus Gesticht verbouwd, een verzorgings– en verpleegtehuis uit de negentiende eeuw. Sinds 1968 is dat pand in het bezit van de universiteit. Het ontwerp is van architect Hans van Beek. Bij de verbouwing zijn historische elementen van het gebouw behouden gebleven. Door het gebruik van glas valt er veel licht in het pand.

De bilbiotheek heeft een modern depot voor tien kilometer materiaal, twee onderzoekszalen, drie stijlkamers, een tentoonstellingszaal en een museumcafé. De verzameling is intern verbonden met het naastgelegen Allard Pierson Museum, het archeologisch museum van de UvA.