Lely (1854-1929) was de ontwerper van het plan om de Zuiderzee, het tegenwoordige IJsselmeer, af te sluiten en in te polderen. Behalve Lely krijgt ook schilder Johan Hendrik van Mastenbroek (1875-1945) postuum de Zuiderzeeprijs voor zijn bijdrage aan de promotie van de Zuiderzeewerken.De prijs, een glazen beeldje van een waterdruppel van kunstenaar Haico Beukers, wordt 2 maart uitgereikt aan de erven van beide winnaars. Bovendien krijgen de winnaars een vermelding in het atrium van het museum.

Het is de bedoeling dat de prijs jaarlijks wordt uitgereikt. In de toekomst zal er een nader te bepalen geldbedrag aan zijn verbonden, dat de winnaars mogen besteden aan een project in het museum.