In 2003 moest Koenders het ingewikkelde partijstandpunt over de Nederlandse „politieke steun" aan de door de Verenigde Staten uitgeroepen oorlog in Irak uitleggen. „We staan niet kritiekloos achter de VS, maar sluiten geweld niet uit". Nu heeft de coalitie besloten een stokje te steken voor het door hem gesteunde Kamerverzoek om een parlementair onderzoek naar de manier waarop Nederland bij die oorlog is betrokken. Wat over missies in het coalitieakkoord staat verandert niets aan de huidige situatie, erkent hij zelf.Als minister van Ontwikkelingssamenwerking hoeft Koenders dat standpunt nu echter niet te verdedigen. Ook aanvallen op het besluit van de coalitie om door te gaan met deelname aan de bouw van het gevechtsvliegtuig JSF (Joint Strike Fighter) mag hij aan een ander overlaten.

Als minister van Ontwikkelingssamenwerking treedt Koenders in de voetsporen van PvdA–coryfee Pronk. Hij heeft daar ook de papieren voor. Hij studeerde cum laude af aan de Vrije Universiteit waar hij internationale betrekkingen en economie studeerde, haalde de titel Master of Arts aan de Johns Hopkins University in Washington en Bologna. Na zijn studie werkte Koenders als beleidsmedewerker van de PvdA Tweede Kamerfractie en was hij politiek adviseur voor de Verenigde Naties in onder meer Afrika. In 1994 ging hij naar Brussel als medewerker van Europees commissaris voor Buitenlandse Zaken Hans van den Broek. Vorig jaar is hij benoemd tot voorzitter van de officiële parlementaire arm van de NAVO.

Koenders betrad de Tweede Kamer in november 1997 als opvolger van de verongelukte Van Traa. Hij ontpopte zich als bevlogen woordvoerder Buitenlandse Zaken, hield zich bezig met internationaal monetair– en handelsbeleid en voerde het woord over vredesmissies. Vooral de behandeling van de eerste Afghanistan–missie in 2002 leverde felle debatten op met Verhagen (CDA), met wie hij straks op Buitenlandse Zaken moet samenwerken.

Over de missie naar Uruzgan wist hij de toezegging los te krijgen dat Nederland niet eindeloos zou meedoen, maar tekende voor maximaal twee jaar. Als lid van de parlementaire enquêtecommissie Srebrenica liet hij zien een vasthoudend vragensteller te zijn. Koenders wordt omschreven als geëngageerd, politiek gevoelig en analystisch. Maar hij kan ook overkomen als een pedante filosoof die graag wil laten zien dat hij een brede visie heeft. Soms lijkt hij daardoor buitenlandse kwesties dood te nuanceren. Het van tafel geveegde Irak–onderzoek bewijst in elk geval dat hij in tegenstelling tot zijn PvdA voorganger Pronk geen doorbijter is.