De stoptrein was afkomstig uit Utrecht. Bij station Amsterdam–Zuid moest de trein van spoor wisselen om zo van rijrichting te veranderen, zodat het voertuig weer naar Utrecht kon rijden. De trein maakte tijdens dit zogenoemde doorwisselen te veel vaart en reed tegen het stootblok van een tussengelegen spoor.Het voorste gedeelte van de trein raakte hierdoor van het spoor. De achterste delen staan nog op de rails. Met hulp van een hijskraan moet de wagon weer op zijn plaats worden getakeld, zodat de trein kan worden weggereden.

Het spoor waarop het ongeval plaatsvond, is onlangs omgebouwd en vernieuwd, zodat ook de Hoge Snelheidslijn (HSL) op het traject kan rijden

Reizigers tussen Amsterdam–RAI en Schiphol moeten rekening houden met een vertraging van dertig tot zestig minuten. Volgens ProRail wordt er in de ochtendspits van dinsdag maar een van de twee sporen tussen de twee stations gebruikt.