„Ik betreur ten zeerste dat het beeld is ontstaan dat ambtenaren van Amsterdam geen enkel verwijt valt te maken", zei ze. „Ik heb dat niet goed gedaan. Het is nooit mijn bedoeling geweest mijn handen in onschuld te wassen vooruitlopend op de resultaten van een onafhankelijk onderzoek".Vos lag onder vuur omdat zij vorige week liet weten dat zij het vertrek van het schip uit de haven van Amsterdam niet kon tegenhouden en dat ambtenaren van de milieudienst naar behoren hadden gehandeld. Tegelijkertijd kondigde zij een onafhankelijk onderzoek aan, dat binnenkort begint onder leiding van Hulshof, voormalig lid van de Milieukamer van de Raad van State en deskundig op het gebied van internationaal en zeerecht.

Hulshof gaat in opdracht van de gemeente onderzoeken of er mogelijkheden waren het vertrek van de Probo Koala te verhinderen. Ook kijkt hij naar de rol van de ambtenaren van de Amsterdamse milieudienst en of de huidige wet– en regelgeving voldoet. Vos (GroenLinks) liet de gemeenteraad wel weten „ervan uit te gaan dat de ambtenaren naar eer en geweten hebben gehandeld”. Zij kon niet zeggen wanneer het onderzoek is afgerond.

De Amsterdamse gemeenteraad sprak zijn afschuw uit over de hele zaak. „Wij wisten wat er in het schip zat”, aldus raadslid Burke van de PvdA, de grootste coalitiepartij in de hoofdstad. „Ik vraag me af waarom we het schip niet aan de ketting konden leggen toen het in de haven van Amsterdam lag. Op 3 juli zijn er monsters genomen die duidelijk aangaven dat er niet gewoon scheepsafval in zit. Waarom kon het dan toch op 5 juli vertrekken?”

GroenLinks, samen met PvdA in het college, noemt het „voorbarig om te ontkennen dat Amsterdam het schip kon tegenhouden”. De SP: „Het zaakje stinkt”. Oppositiepartij VVD, die een interpellatiedebat had aangevraagd over het gifschip, vindt de verklaring van Vos voorlopig voldoende. „Ik vind het klasse dat de wethouder excuses aanbiedt voor de grote fout die zij heeft gemaakt”.

De Probo Koala wilde het scheepsafval laten verwerken in Amsterdam, maar trok zich terug wegens de hoge kosten en na klachten van omwonenden over stankoverlast. Via Estland kwam het schip in augustus in Abidjan in Ivoorkust aan. Daar werd het afval gedumpt, waarna acht mensen door giftige dampen overleden en tienduizenden mensen ziek werden.