De op 25 december 1947 in Den Haag geboren Van Aartsen werd de politiek met de paplepel ingegeven door zijn vader, die namens de ARP in het kabinet-De Quay minister van Volkshuisvesting was. Nadat hij zijn carrière was begonnen als medewerker van de VVD-fractie en directeur van het wetenschappelijk bureau van de liberale partij, vervulde hij diverse hoge posten op het departement van Binnenlandse Zaken. Van 1985 tot 1994 was hij daar secretaris-generaal.In 1994 werd hij minister van Landbouw in het eerste paarse kabinet. Daar trad hij doortastend op richting de intensieve veehouderij. Door zijn beruchte varkenswet, die uiteindelijk geen succes werd doordat hij juridisch onhaalbaar bleek, joeg hij de agrarische sector tegen zich in het harnas, maar won hij in politiek Den Haag veel aanzien.

Als beloning kreeg hij in 1998 in het tweede paarse kabinet de post van minister van Buitenlandse Zaken toebedeeld. Toenmalig VVD-leider Bolkestein sprak destijds van een prima kandidaat.

Dat viel echter tegen. Na een veelbelovend begin kreeg de nieuwe man op Buitenlandse Zaken het hard voor zijn kiezen. Internationale kritiek was zijn deel toen hij in 1999 in de Tweede Kamer zijn mond voorbijpraatte over de komende NAVO-bombardementen op Servië. En met premier Kok maakte hij openlijk ruzie over de Nederlandse kandidatuur voor een hoge VN-post.

Bij de formatie van het eerste kabinet-Balkenende was er voor Van Aartsen dan ook geen ministerspost meer weggelegd. Hij moest genoegen nemen met het Kamerlidmaatschap. Menigeen verwachtte dat hij de politiek snel de rug zou toekeren. Maar dat gebeurde niet. Van Aartsen nam het parlementaire werk serieus en enthousiast ter hand en blonk uit in debatten over Irak en de affaire-Margarita.

Na het snelle einde van Balkenende-I keerden zijn kansen. Kortstondig VVD-fractieleider Zalm had alweer genoeg van de Kamer en werd na de vorming van Balkenende II opnieuw minister van Financiën. Zalm had voormalig defensieminister De Grave op het oog als zijn opvolger, maar de fractie koos voor Van Aartsen.

Aanvankelijk leek hij op zijn nieuwe post een groot succes. Zijn welsprekendheid en gevatheid in debatten oogstten bewondering en de parmantigheid die hem als minister wel verweten werd, gold plotseling als een charmant trekje. Niemand loopt zo mooi met een hand in de zak als Jozias van Aartsen, schreef Volkskrantcolumnist Martin Bril.

Maar weer veranderde de lof al snel in kritiek. Die gold vooral het personeelsbeleid van Van Aartsen. Zo opereerde hij weinig standvastig bij het aftreden van VVD-staatssecretaris Nijs (Onderwijs). Eerst hield hij haar de hand boven het hoofd, maar een dag later liet hij haar -na overleg met Zalm- alsnog vallen.

Ook het conflict met de opstandige Wilders pakte Van Aartsen volgens veel partijgenoten niet handig aan. Hij liet het te lang slepen en wist uiteindelijk niet te voorkomen dat Wilders uit de fractie stapte om voor zichzelf te beginnen.

Pijnlijk was in 2005 de ruzie met fractiegenoot Hofstra over de kilometerheffing, waarbij Van Aartsen eerst een hoge toon aansloeg en vervolgens door het stof moest.

Een handicap die Van Aartsen altijd bleef achtervolgen, was dat hij niet onbetwist de leider van de VVD was, zoals zijn voorgangers Wiegel en Bolkestein dat wel waren. Ook Zalm -lijsttrekker bij de laatste verkiezingen- kon immers aanspraak maken op die titel. Een poging van Van Aartsen om zich alsnog tot leider te laten kronen, liep tijdens een partijcongres in november 2004 uit op een mislukking. Hij bracht het niet verder dan de status van ”aanvoerder”. Het begrip leider bestaat niet binnen de VVD, verklaarde partijcoryfee Vonhoff tijdens de bijeenkomst. De aanwezigen wisten wel beter.

In maart 2006 kwam voorlopig een einde aan Van Aartsens aspiraties. Na de teleurstellende gemeenteraadsverkiezingen, waarbij de VVD er niet in slaagde de averij die de partij in 2002 bij de vorige gemeenteraadsverkiezingen had opgelopen, te herstellen, legde hij het fractievoorzitterschap onmiddellijk neer. Vijf maanden later neemt Van Aartsen de volgende stap door zich geheel uit de Kamer terug te trekken.