Minister Bot van Buitenlandse zaken vroeg het AIV afgelopen zomer om een advies over onder meer de vraag tot waar de rechten van de mensen mogen worden ingeperkt in de internationale strijd tegen het terrorisme.In zijn advies, voorbereid door de Maastrichtse professor Theo van Boven, maakt het AIV zich grote zorgen over „het gerommel" met het absolute verbod op foltering. Volgens een woordvoerder zie je dat aan de wijze waarop de Verenigde Staten met het verbod omgaan, maar ook hoe er binnen de Verenigde Naties over wordt gesproken en hoe er in eigen land door sommige deskundigen tegen aan wordt gekeken.

De adviesraad vraagt de regering juist „krachtig en publiekelijk stelling te nemen tegen de uitholling van het absolute verbod op foltering". Onder dat verbod valt volgens de raad ook wrede, onmenselijke en vernederende behandeling of bestraffing en het vasthouden van mensen in (geheime) gevangenissen zonder dat zij enig contact kunnen krijgen met de buitenwereld. Als niemand weet dat er personen ergens worden vastgehouden bestaat het risico dat deze mensen voorgoed verdwijnen, aldus de AIV.

In het verlengde daarvan spreekt de raad zich ook uit tegen het oppakken en wegvoeren van mensen naar onbekende bestemmingen, zonder tussenkomst van justitie of rechterlijke procedures. Dergelijke praktijken zijn onder alle omstandigheden ontoelaatbaar, aldus de raad.

Volgens de AIV moet de Nederlanse regering er voor oppassen een scheiding aan te brengen tussen handhaving van mensenrechten en het bestrijden van terrorisme. Nederland moet ook in de strijd tegen het terrorisme onverkort vasthouden aan internationale verplichtingen en het folterverbod onverkort handhaven en verdedigen. Gebeurt dat niet dan „kan de bescherming van de gewone burger door de rechtstaat in het geding komen".