De school is met het ministerie overeengekomen dat het geld in gelijke termijnen over een periode van twintig jaar wordt terugbetaald. De HZ was een van de zeventig hoge scholen in Nederland die zich schuldig zouden hebben gemaakt aan gesjoemel met studentenaantallen en dan met name met Spaanse studenten.In de kwestie zouden scholen buitenlandse studenten hebben opgegeven aan het Rijk voor wie veel overheidssubsidie werd geïncasseerd. Deze studenten zouden echter niet of nauwelijks in Nederland studeren.

De zaak kwam in 2001 aan het licht doordat een ex-medewerker van een hogeschool in Deventer naar buiten bracht dat de school geld ontving voor ’nepstudenten’. Daarop werd een accountantsonderzoek ingesteld door de toenmalige minister Hermans van Onderwijs. Alle hbo-instellingen in Nederland kregen de opdracht hun handel en wandel te laten controleren.

In mei 2003 werd de commissie Vervolgonderzoek Rekenschap, beter bekend als de commissie-Schutte, ingesteld om de onregelmatigheden bij de scholen in kaart te brengen. De commissie concludeerde dat zeventig van de 155 instellingen in strijd met de wet hadden gehandeld. Volgens de commissie zou de Hogeschool Zeeland met 11,8 miljoen euro daarbij de kroon spannen.

De HZ reageerde woedend en dreigde naar de rechter te stappen. De school zei dan ook naar goed vermogen geopereerd te hebben; studenten waren wel degelijk ingeschreven, maar studeerden niet letterlijk in Vlissingen. De school en het ministerie zijn met elkaar in overleg gegaan. Eind 2004 bleek dat het bedrag van ruim 11 miljoen hoger uitviel. Uiteindelijk kwam Onderwijs uit op een bedrag van 19,1 miljoen euro. De HZ legde zich uiteindelijk bij de kwestie neer.