Rijkswaterstaat heeft voor de gebieden, waaronder ook de Oosterschelde en de Westerschelde, korte rapportages opgesteld. Hieruit blijkt vooral dat stikstofdepositie er geen groot probleem is, anders dan in de meeste natuurgebieden op land. De waterbeheerder heeft hiermee op zich aan de opdracht voldaan, maar de Ecologische Autoriteit vindt dat meer informatie nodig is om te kunnen beoordelen hoe de natuur er echt voorstaat. In volgende analyses moet bijvoorbeeld ook worden gekeken naar de invloed van baggerwerkzaamheden, zandsuppletie aan de kust, recreatie en de waterkwaliteit, die te wensen over laat.

Grote werken als de Afsluitdijk en de Deltawerken hebben ook nog steeds impact op de natuur. Daar zou eveneens aandacht voor moeten zijn in toekomstige natuurdoelanalyses, oordeelt de toezichthouder. Die adviseert om dan niet alleen te kijken naar stikstofgevoelige natuur, maar naar alle natuurdoelen. Dan gaat het bijvoorbeeld om instandhouding van beschermde vogelsoorten en hun leefgebieden.