De gemeente startte na een subsidieaanvraag van de As-Siddieqscholen in oktober 2018 een onderzoek via de Bibob, de Wet bevordering integriteitsbeoordelingen door het openbaar bestuur. Aanleiding voor het onderzoek waren berichten in de media over de moskee El Tawheed, wier bestuur gelieerd is aan het schoolbestuur. De moskee zou volgens de media onderdak hebben geboden aan jihadisten en werd in verband gebracht met radicalisering en terrorisme. Het onderzoek duurde uiteindelijk een jaar.

Halsema schrijft dat ze zich kan voorstellen dat de procedure „een verlammende uitwerking” heeft gehad op het schoolbestuur. „Het college is destijds ambtelijk niet op de hoogte gesteld van deze procedure. Dat had anders gemoeten.”

Uiteindelijk is alleen een verjaarde belastingovertreding gevonden bij het schoolbestuur. „Dit neemt niet weg dat niet op voorhand is vast te stellen dat er daadwerkelijk sprake is van criminele activiteiten en wat de uitkomst van een Bibob-onderzoek zal zijn”, aldus Halsema. Ze schrijft dat de signalen uit de media voldoende aanleiding gaven voor nader onderzoek. „Ter afsluiting geeft het college aan dat voor deze procedure de volledige bestuurlijke verantwoording geldt, maar dat procedure noch afweging op dezelfde manier herhaald zou moeten worden.”

De Bibob-procedure tegen As-Siddieq was de eerste keer dat die in het onderwijs werd ingezet. In 2019 is nog een andere school in Amsterdam getoetst aan de Bibob-wet, maar vanwege de geheimhoudingsverplichting in de wet kan de burgemeester niet onthullen om welke school het gaat.

Er zijn drie basisscholen van As Siddieq in Amsterdam; een in Amsterdam-West, Amsterdam-Oost en in Amsterdam-Noord.