Het museum werd in 2016 geopend aan de Agnietenstraat in Utrecht, maar bleek volgens het museum al snel te klein voor de ruim 175.000 bezoekers die het ieder jaar ontvangt. Het nijntje museum verblijft tijdelijk in een pand aan de Oudegracht en keert nu terug naar het oude pand aan de Agnietenstraat, met een uitbouw.

De zalen van het museum zijn vernieuwd en er worden lesprogramma’s voor voorscholen en het primair onderwijs aangeboden. Ook is het museum toegankelijk voor kinderen met een mobiele, visuele of auditieve beperking.

De kinderboeken over nijntje van de Utrechtse tekenaar en schrijver Dick Bruna zijn wereldberoemd. Het eerste nijntjeboek werd op 21 juni 1955 uitgegeven. Bruna overleed in 2017.