Volgens de directie is de herinrichting van het museum nodig, omdat de presentatie na twintig jaar verouderd was. Ook herbergde het museum te veel losse spullen uit tal van tijdvakken. Het museum wil zich speciaal gaan richten op het belang van de zeevaart voor Zeeland en Nederland.

In het MuZEEum maken bezoekers na de herinrichting een interactieve zeereis in de 17e eeuw. De geschiedenis van Michiel de Ruyter krijgt een belangrijke plaats. De kunsthistorisch belangrijke schilderijen van Michiel de Ruyter en zijn vrouw Anna van Gelder, die het museum bezit, worden tijdens de sluiting gerestaureerd nadat de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed ze heeft onderzocht. Er wordt ook aandacht besteed aan de slavernij, die verbonden is met de Nederlandse zeevaart.

Onderdeel van het MuZEEum zijn de historische Kazematten in het Keizersbolwerk uit 1548. Waterschap Scheldestromen heeft de Kazematten dit voorjaar gesloten toen bleek dat er scheuren in de muren zaten. Er is zeer uitgebreid onderzoek gedaan naar de bouwkundige staat van het vestingwerk. De uitslagen daarvan worden later in het najaar bekend.