McFarlane, een Vietnam-veteraan, was de enige functionaris in het Witte Huis die vrijwillig schuld op zich nam in het zogenoemde Iran-contraschandaal. Die in 1986 onthulde affaire draaide om illegale financiering van de contra’s - tegenstanders van linkse sandinisten in Nicaragua - met opbrengsten van geheime wapenleveranties aan Iran.

McFarlane was in de jaren 70 assistent van nationaal veiligheidsadviseur en minister van Buitenlandse Zaken Henry Kissinger. Zijn inspanningen rond Iran werden vaak gezien als een misplaatste poging om Kissingers baanbrekende acties voor herstel van de betrekkingen met communistisch China te evenaren, aldus The Washington Post. Het Witte Huis legde de schuld voor de Iran-contra-affaire bij McFarlane, die later erkende dat hij zich schuldig voelde omdat hij het schandaal rond Reagan niet had kunnen voorkomen.