De regering wordt verweten dat zij met het oog op verkiezingen te snel zei en te lang volhield dat de aanslagen het werk waren van de Baskische afscheidingsbeweging ETA. Zij moest later, toen was komen vast te staan dat moslimterroristen achter de aanslagen zaten, op die beschuldiging terugkomen.

Aznar ontkende nadrukkelijk dat zijn regering de ETA de schuld in de schoenen wilde schuiven. Ook wees hij erop dat anderen, zoals de regering van de Baskische regio en de nu regerende socialisten, de ETA eerder dan de centrale regering verantwoordelijk hadden gesteld voor de aanslagen.

Critici van centrumlinkse partijen hebben gezegd dat de regering in eerste instantie vooral bezorgd was over het effect van de aanslagen op de verkiezingen, die kort erna zouden worden gehouden. De regering zou hebben gevreesd dat betrokkenheid van islamitische extremisten schadelijk voor haar campagne zou zijn, omdat zij ondanks grote binnenlandse oppositie de Amerikaans-Britse inval in Irak had gesteund. Daarom zou, ook toen eigenlijk al vaststond dat de aanslagen het werk waren van islamitische terroristen, nog enige tijd zijn volgehouden dat de ETA erachter zat.

De commissie begon haar hoorzittingen begin juli. Een van de doelstellingen is om vast te stellen of de aanslagen het gevolg zijn geweest van het besluit om de Amerikanen en de Britten in Irak met 1300 militairen te steunen. Veel Spanjaarden beschouwen de aanslagen als een vergelding voor dat besluit. De conservatieven werden bij de verkiezingen van 14 maart verpletterend weggestemd.

Andere doelstellingen zijn om te zien of de aanslagen voorkomen hadden kunnen worden en of soortgelijke aanslagen in de toekomst te voorkomen zijn. Op de achtergrond speelt de partijpolitiek een grote rol. De conservatieven willen hun naam zuiveren, de socialisten willen de politieke legitimiteit van hun regering aantonen.

Aznar ontkende maandag tijdens de tien uur lange ondervraging nadrukkelijk dat zijn partij, de Partido Popular, heeft gelogen toen zij de ETA verantwoordelijk stelde. „Wij vertelden de waarheid over wat we wisten.” Hij hield die lezing staande, ondanks herhaalde beweringen van zijn ondervragers dat de conservatieven veel eerder duidelijk hadden kunnen maken dat de ETA geen rol in de aanslagen speelde. „We konden de aanslagen niet voorzien en niet voorkomen.” Het parlementslid Joan Puig Cordon van het Catalonische Republikeins Links zei dat de regering een grote fout heeft gemaakt. „Uw regering loog en daarom was er op 14 maart een electorale verrassing; dat is het hele verhaal.”

De aanslagen kostten 191 mensen het leven en er raakten ruim 1800 mensen gewond. Er zijn inmiddels 51 mensen gearresteerd, van wie er 16 worden beschuldigd van massamoord en terrorisme. Aznars opvolger, de socialist José Luis Rodriguez Zapatero, wordt op 13 december gehoord. Het onderzoek wordt op 15 december afgerond.