Van der Vlies kwam in 1981 in de Kamer onder ongunstige omstandigheden. Een deel van de SGP-achterban vond dat niet het Utrechtse Statenlid Van der Vlies op de derde plaats van de SGP-kandidatenlijst moest komen, maar fractiemedewerker Gerrit Holdijk, een bekende persoonlijkheid uit de Gereformeerde Bond. Velen beschouwden Van der Vlies, die lid was van de hervormde gemeente van Maartensdijk, als te behoudend. Ze zagen liever Holdijk in de Kamer omdat die theologisch meer in de traditie stond van ds. Abma, die van 1963 tot 1981 in de Tweede Kamer zat.

Een voorkeursactie voor Holdijk leverde niet het gewenste resultaat op en zo kwam Van der Vlies op 10 juni 1981 in de Tweede Kamer. Het was opmerkelijk dat de persoonlijke verhoudingen tussen Holdijk en Van der Vlies in de jaren dat ze samenwerkten, nooit verstoord raakte.

Van der Vlies zette zich in om de verschillen tussen de kerkelijke stromingen in de achterban van de partij niet aan te wakkeren. De eenheid van de partij woog hem zwaar. Toen hij in 1986 lijsttrekker werd, was het protest vrijwel verstomd. Van der Vlies had laten zien dat hij de hele SGP op een waardige manier vertegenwoordigde. Kerkelijke verschillen zijn bij de SGP in de loop van de jaren sowieso minder zwaar gaan wegen.

Vrouwendiscussie

In de periode-Van der Vlies woedde ook de discussie over de plaats van de vrouw in de politiek. Uiteindelijk heeft de rechter bepaald dat de partij vrouwen niet mag weren van lijsten. De verschillen in de achterban waren en zijn nog steeds groot. Critici vonden dat Van der Vlies op dat punt meer leiding aan de partij had moeten geven door zich duidelijk voor of tegen uit te spreken. Dat weigerde hij consequent. Hij stelde dat hij zijn persoonlijke mening naar voren bracht tijdens vergaderingen van het hoofdbestuur, die hij als adviseur bijwoonde. Naar buiten toe wilde hij omwille van de eenheid van de partij geen keuze maken.

De eenheid van de partij woog hem ook zwaar bij een ander debat in de partij, namelijk of de SGP op de televisie zou moeten verschijnen. Tot Van der Vlies aantrad, gebeurde dat nauwelijks. Dat was tegen de partijlijn. Maar gaandeweg de jaren kwam Van der Vlies steeds vaker op televisie, gevraagd en ongevraagd. Ook bij deze voorzichtige gedragsverandering woog de eenheid van de partij hem zwaar. Van der Vlies wilde niet graag degenen verliezen die principiële bezwaren hebben tegen dit medium. Door zijn optredens in de media bereikte hij dat zijn partij en gezindte, in een tijd van snelle secularisatie, in Nederland niet buiten beeld raakte. En hoewel kwaaddenkenden zijn partij „de Nederlandse taliban” bleven noemen, verzachtte hij door zijn humor en vriendelijkheid wel degelijk het imago van de SGP zonder het beginsel van de partij te verzaken.

Maar Van der Vlies wilde ook niet dat zijn partij als meegaand te boek stond. De SGP beoordeelt zittende kabinetten altijd op zijn daden en zal niet snel een oppositierol kiezen. Dat gebeurde wel rond de eeuwwisseling ten tijde van de paarse kabinetten. PvdA, VVD en D66 voerden toen een reeks verruimingen in de medische ethiek en de homo-emancipatie door. Toen koos de partij onder leiding van Van der Vlies voor het voeren van oppositie tegen het zittende kabinet.

Pasmunt

In de Tweede Kamer zette Van der Vlies de onder Abma en Van Rossum ingezette lijn om niet alleen getuigenispolitiek te voeren voort. Christelijke politiek was voor Van der Vlies niet alleen het beginsel uitdragen, maar van daaruit ook praktisch politiek bezig te zijn. Een gevleugelde uitdrukking van de SGP’er was dat hij „het goud van de Schrift wilde omsmeden naar de pasmunt van de tijd.” Dat dwong respect af bij vriend en vijand.

Op die wijze opererend wist hij achter de schermen ook zaken voor elkaar te krijgen voor zijn kiezers. Onder meer op het gebied van gehandicaptenzorg, ouderenzorg en onderwijs. Ook hierin diende Van der Vlies de gehele breedte van zijn achterban.