Als premier van Rusland probeerde Primakov te bemiddelen toen het Kosovo–conflict in 1999 steeds verder escaleerde. Hij zat net in het vliegtuig en was op weg naar Washington voor een gesprek met de Amerikaanse vice–president Al Gore, toen de NAVO begon met bombardementen op Joegoslavië. Kwaad beval Primakov boven de Atlantische Oceaan aan de piloot om rechtsomkeert te maken.

Primakov werd opnieuw kwaad toen Milosevic in september tegen zijn wil een advocaat werd opgedrongen. Primakov repte tegen de Russische pers van schending van het volkenrecht en weigerde naar Den Haag te komen als getuige. Inmiddels mag Milosevic van de Kamer van Beroep van het VN–hof weer zelf zijn verdediging voeren.