Vertegenwoordigers van de moslimgemeenschap delen het gevoel dat Nederlandse moslims tijdens het uitvoeren van dit onderzoek in een hoek zijn gezet en verdacht zijn gemaakt. Maar de meningen verschillen over de getrokken conclusies, bijvoorbeeld over de mogelijke invloed die uitgaat van financiering uit Golfstaten en Turkije.

Said Bouharrou van de Raad voor Marokkaanse Moskeeën Nederland (RMMN) herkent zich in deze conclusie, in tegenstelling tot hoofdimam Yassin Elforkani van de Blauwe Moskee in Amsterdam en Mohamed Bouimj van Stichting Platform Islamitische Organisaties Rijnmond.

Bouharrou denkt dat islamitische organisaties nog veel kunnen doen om te voorkomen dat zij worden beïnvloed door buitenlandse financiers. Zo bepleit hij dat de organisaties openbaar maken welke doelen ze nastreven en onder welke voorwaarden ze bereid zijn financiering te ontvangen. Dan kunnen ze ter verantwoording worden geroepen als ze zich daar niet aan houden. Ook moeten leraren voor informeel islamonderwijs volgens de vicevoorzitter van de RMMN beter worden gescreend en kunnen de besturen van moskeeën professioneler.

Hoofdimam Yassin Elforkani van de Blauwe Moskee trekt het onderzoek van de commissie in twijfel. Bij de ondervraging had Elforkani de indruk dat het commissieleden aan achtergrondkennis over de islam ontbrak. Ook zegt de imam dat er in het rapport feitelijke onjuistheden staan over de bezittingen van de vastgoedbeheerder van zijn moskee.