De sleutelhouders van de moskee zijn de hoeders van kostbare manuscripten, kronen en andere juwelen, zwaarden, edelstenen, gouden en zilveren vazen, kristallen kroonluchters, tapijten en borduurwerk. In de kelders onder het gebouw bevinden zich naar schatting 2000 kostbare voorwerpen, waarvan een aantal meer dan 1000 jaar oud zijn. Vele zijn geschenken van koningen, emirs en leiders van moslimlanden.

Grootayatollah Al-Sistani wil pas de sleutels van de moskee uit handen van de radicale geestelijke Muqtada al-Sadr aannemen als hij er zeker van is dat niets aan de kostbaarhedenverzameling ontbreekt, nadat Al-Sadr en zijn aanhangers daar vijf maanden hebben gebivakkeerd.

In de moskee zou ook een aanzienlijk bedrag aan geld liggen, afkomstig van pelgrims die een offerande hebben achtergelaten. Juist woensdag werd bekend dat er medewerkers van Al-Sadr zijn gearresteerd met, volgens de politie, „schatten uit de moskee” in hun bezit.

Over de sleutels van de moskee doen allerlei verhalen de ronde. Muqtada al-Sadr zou een set sleutels in handen hebben gekregen na de moord in april vorig jaar op de sjiitische leider Abdul al-Majid al-Khoei, waarvan Al-Sadr verdacht wordt. Tegelijk met Al-Khoei vond de sleutelhouder van de moskee de dood. Voor hij stierf zou hij de sleutels aan de strijders van Al-Sadr hebben gegeven.

Volgens een ander verhaal werden de sleutels vijf maanden geleden gestolen door het Mahdi-leger van Al-Sadr toen een van de bewakers van de moskee de deuren voor de nacht wilde afsluiten.

Naast de moskee met zijn gouden koepel, die 15.000 vierkante meter beslaat, ligt nog een ander sjiitisch heiligdom: de Vallei van de Vrede, de grootste islamitische begraafplaats ter wereld. Volgens het sjiitische geloof is deze begraafplaats de poort tot het paradijs. Er liggen ook enkele profeten begraven.

De Imam Ali-moskee huisvest de graftombe van Imam Ali Ibn Abi Talib, een neef en schoonzoon van de profeet Mohammed. Hij was de eerste imam van de sjiieten. Imam Ali werd in 661 vermoord in de nabijgelegen, eveneens heilige stad Kufa. Rondom zijn graftombe is Najaf gebouwd, tegenwoordig een stad met ruim een half miljoen inwoners.

Door de eeuwen heen is Najaf uitgegroeid tot een van de belangrijkste geestelijke centra van de sjiieten. In de stad bevinden zich behalve de genoemde heiligdommen ook talrijke sjiitische scholen, bibliotheken en ontmoetingsplaatsen van mystici.